1948년 10월 16일 재단법인 거제기독교청년회 교육학원이 설립 인가를 받아 거제 중학교 6학급을 설치함으로써 출발하였다. 1949년 11월 29일에는 학교법인의 명칭이 지성학원으로 바뀌었으며, 1980년 3월 1일에 교명을 거제여자중학교로 변경하였다. 1994년 3월 1일에는 다시 교명을 거제중학교로 변경하였다.
교훈은 ‘자주, 성실, 창조’이며, 교화는 영산홍, 교목은 향나무이다. 교육목표는 ‘창의적 지식 교육을 통하여 창의성과 교과실력을 높이고 실천적 예절교육을 통하여 도덕적이며 배려하는 민주시민을 기른다’이다. 추구하는 학교상은 ‘학습능력과 창의성을 키우는 학교’, ‘꿈과 희망을 성취하기 위해 노력하는 학교’, ‘인간과 자연을 사랑하는 학교’이다.
특색 교육으로는 독서교육을 통한 도구교과 교육 강화, 원어민 영어회화 특별 수업, 영어와 수학 과목의 영재 학급 운영, 예절교육관 입소를 통한 실천하는 생활 예절교육, 사제동행의 자체 수련회와 다양한 특기적성교육을 통한 잠재 소질을 개발하는 등이 있다. 2010년 3월 현재 24학급에 학생 826명, 교직원 45명이다. 2010년 2월 제62회 졸업식을 하였고, 총 12,192명의 졸업생을 배출하였다.