1938년 3월 31일에 남해공립수산실수학교로 설립인가를 받아, 5월 7일에 개교하였다. 1938년 11월 29일에 삼동면 미조리 삼정 신축교사로 이전하였고, 1940년 3월 20일에 제1회 졸업식으로 17명이 졸업하였다. 1949년 12월에 현 위치인 지족리 로 이전하였다. 1951년 8월에 「교육법」 개정에 따라 6학급, 300명 인가를 받았으며, 1956년 1월에 남수중학교 미조분교가 설립되었고, 1969년 8월에 남수중학교 물건분교가 설립되었다.
교훈은 ‘자주·탐구·실천’이다. 교목(校木)은 비자나무, 교화(校花는) 동백꽃이다. 교육목표는 ‘올바른 덕성과 고도의 학습능력을 갖춘 조화로운 인간육성’이다. 중점과제로는 체육영재 종목(배트민턴) 육성, 창의적 사고력을 키우기 위한 독서교육(도서관 공부방 활용), 우리 것을 찾는 뿌리교육, 전통음악 교육을 통한 바람직한 덕성함양 등을 추진하고 있다. 계발활동으로 과학, 컴퓨터, 배드민턴, 고전명화감상, 십자수, 탁구반이 운영되고 있다. 특색사업으로 영화제작이 이루어지고 있다.
2010년 3월 현재 3학급으로 편성되어 있으며, 재학생은 44명이고 교원은 총 9명으로 구성되어 있다. 2010년 2월 11일 제70회 졸업식을 하였고, 총 7,256명의 졸업생을 배출하였다.
2019년 초에 폐교되었다.