능주교육은 오랫동안 유학을 숭상하며 학문과 교육의 도장으로서 향교를 중심으로 사숙을 운영하던 유림들과 국운의 암울함을 자각한 선각자들의 요구와 신교육의 필요성에 의해 1908년 10월 1일 능주 군수 민상현씨 발의로 주찬우, 조형택 등의 협의 아래 능주육영보통학교를 능주군 주내면 영동 양 사제에 설립하였다.
재정 관계로 폐교의 위기에 처하여 민상현 등의 노력으로 재정 문제를 해소하고 1910년 2월 26일 칙령 제44호 보통학교령에 의하여 능주사립보통학교로 설치가 인가되어 능주군 주내면 광동 학교를 설립 운영해 오다가 수업연한 4년제 능주공립보통학교로 인가되었다.
1923년 3월 20일 수엽연한 6년으로 연장되어 능주군 궐비 보안소 및 객사에 자리 잡고 학교를 경영하다가 1938년 6월 6일능주면 잠정리에 교사를 신축하고 이전하여 오늘에 이르렀다. 1941년 능주공립국민학교로, 1950년 4월 1일 능주국민학교로, 1996년 3월 1일 능주초등학교로 개칭되었다.
‘꿈과 희망을 가꾸는 멋진 능주인 육성’이라는 교육목적 아래 ‘바르게 행동하고 남을 배려할 줄 알며 예절바른 어린이’, ‘창의적으로 생각하고 스스로 공부하며 실력 있는 어린이’, ‘소질을 계발하고 꿈을 키우며 개성 있는 어린이’, ‘튼튼한 몸과 힘찬 기상을 길러 건강한 어린이’를 교육목표로 삼고 있다. 교목은 히말라야시다이며 교화는 개나리이다.
특색교육은 ‘내 꿈을 키우는 멋있는 능주인 육성’이라는 슬로건 아래 꿈 가꾸기 도전활동을 전개하고 있다. 수학학력인증제, 한자급수제, 영어학력인증제, 좋은 책 60권 독서인증제, 줄넘기 인증제 등을 시행하고 있다. 1998년부터 2009년까지 전라남도지정 과학교육연구학교와 안전교육연구학교 등 지속적인 연구학교로 운영되었다.
1991년 6월 유소년 축구부를 신설하여 학생들의 특기신장 및 소질계발에 노력하고 있으며 2008년 3월 제8회 칠십리배 전국유소년 축구대회에서 우승하여 축구명문학교로 부상하고 있다. 2009년 3월 1일 능주북초등학교와 통폐합으로 약 10억원을 투자하여 교육 시설을 현대화하였다. 2010년 3월 현재 10학급에 학생 179명, 교직원 25명이다. 2010년 2월 19일 제97회 졸업식을 하였고 총 8,782명의 졸업생을 배출하였다.