1945년 3월 31일 여주공립농업중학교 설립을 인가 받았다. 1945년 5월 10일 여주공립농업중학교 개교하여 1951년 8월 31일 교육법 개정에 따라 3년제 여주중학교로 개편되었다. 1962년 9월 14일여주읍 하리 구교사에서 현교사로 이전하였다. 1973년 9월 1일 중학교와 고등학교를 분리 운영하였다. 2003년에 정보도서관이 개관하였고, 2006년에는 멀티미디어실을 개관하였다. 2010년 학칙변경으로 보통학급 19학급, 특수학급 1학급이 인가받았다.
교훈은 성실, 충효이고, 교목은 전나무, 교화는 개나리이다. 교육목표는 민족 주체의식과 바른 통일관을 갖춘 애국인 육성, 건전한 정신과 튼튼한 몸을 간직한 건강인 육성, 새로운 영역에 도전하는 과학인 육성, 개성과 창의성을 발휘하는 지식인 육성, 협동과 봉사정신으로 인류에 공헌하는 세계인 육성이다.
교육 중점은 충실한 기본 교육, 7차 교육과정 운영의 내실화, 학력 향상을 위한 교수·학습 지도, 신뢰받는 학교풍토 조성, 건강 달리기 지도 등이다. 특색사업으로는 효율적 독서 방법 습득과 독서 태도 형성, 자주적이고 능동적인 학습 태도 형성을 위해 도서관 정보화를 활용한 교수·학습 방법을 운영한다. 2010년 3월 현재 20학급에 학생 658명, 교직원 42명이다. 2010년 2월 제60회 졸업식을 하였고, 총 1만 7,602명의 졸업생을 배출하였다.