특수목적고등학교는 특수 분야의 전문적인 교육을 목적으로 하는 고등학교이다. 「초·중등교육법 시행령」 제90조에서 특수목적고등학교를 '특수 분야의 전문적인 교육을 목적으로 하는 고등학교'로 표시하고 있으며, 이를 줄여서 흔히 '특목고'라 부른다. 과학고등학교, 외국어고등학교, 국제고등학교, 예술고등학교, 체육고등학교, 마이스터고등학교가 해당된다.
「초 · 중등교육법 시행령」 제90조(특수목적고등학교)에는 (1)교육감은 다음 각 호의 하나에 해당하는 학교 중에서 특수분야의 전문적인 교육을 목적으로 하는 고등학교(이하 "특수목적고등학교"라 한다)를 지정, 고시할 수 있다라고 표시하고 있다. 여기에는 과학 인재 양성을 위한 과학계열의 고등학교(과학고등학교), 외국어에 능숙한 인재 양성을 위한 외국어계열의 고등학교(외국어고등학교), 국제 전문 인재 양성을 위한 국제계열의 고등학교(국제고등학교), 예술인 양성을 위한 예술계열의 고등학교(예술고등학교)와 체육인 양성을 위한 체육계열의 고등학교(체육고등학교) 그리고 산업계의 수요에 직접 연계된 맞춤형 교육과정을 운영하는 고등학교(이하 "산업수요 맞춤형 고등학교"라 한다), 다시 말하면 마이스터고등학교까지를 특수목적고등학교의 범주에 포함시키고 있다.
특수목적고등학교는 특정 분야의 인재를 육성하기 위해 설립된 학교들로, 제정 목적은 크게 네 가지이다.
첫째, 전문 인재 양성. 과학, 외국어, 국제화, 예술 등 특정 분야에서 우수한 인재를 체계적으로 양성하기 위해 설립되었다. 둘째, 다양한 교육 기회 제공. 학생들이 일반 고등학교에서는 접하기 어려운 심화된 교육과정을 통해 자신만의 특기를 개발할 수 있는 기회를 제공한다. 셋째, 국가 경쟁력 강화. 특정 분야에서의 전문성을 갖춘 인재를 배출하여 국가의 과학 기술, 국제 교류, 문화 발전 등에 기여하도록 하는 목적이 있다. 넷째, 교육 다양성 확대. 교육의 다양성을 추구하여 학생들에게 다양한 학습 선택권을 제공하고, 그에 맞는 맞춤형 교육을 통해 각자의 재능을 발휘할 수 있도록 지원합니다.
특수목적고등학교의 설립 목적은 이러한 다양한 교육적 필요에 대응하기 위한 것이며, 이를 통해 우리 사회의 경쟁력을 강화하고자 하는 의도가 담겨 있다.
오늘날 언급하는 특수목적고등학교는 1983년 경기과학고등학교가 개교하면서 시작되었다. 이어 1992년 외국어고등학교, 1993년 예술고등학교와 체육고등학교가 특수목적고등학교에 편입되었다. 1998년 부산국제고등학교가 신설되면서 국제고등학교 계열이 추가되었다. 2010년 이명박 정부에서 ‘고교다양화300프로젝트’라는 정책으로 생겨난 마이스터고등학교 역시 이 범주에 새롭게 추가되었다. 그리하여 2024년 현재 과학고등학교 20개교, 외국어고등학교 30개교, 예술고등학교 27개교, 15개교, 국제고등학교 8개교, 마이스터고등학교 65개교가 개설되어 전체 165개교가 있다.
문재인 정부에서는 이러한 특수목적고등학교 중에서 외국어고등학교, 자율형사립고등학교를 2025년부터 일반고등학교로 전환한다고 발표한 바 있었다. 그러나 윤석열 정부에서는 다시 존치하기로 결정하여 당분간 특수목적고등학교 선호는 계속될 것으로 전망된다.
특수목적고등학교는 고교평준화 정책을 보완한다는 취지와 우수학생을 선발하여 국가경쟁력을 강화한다는 취지를 갖고 있다. 우수한 학생들을 선발하여 수월성 교육을 한다는 점에서 높은 관심도와 경쟁률을 보여주고 있다. 졸업생들이 명문대학으로 진학을 많이 하기 때문에 과거 비평준화 시대의 명문고 향수를 달래주는 역할을 수행하였다.
하지만 이로 인해 다양한 문제점도 도출되고 있다. 우선 가정 배경에 따른 교육기회의 차별화가 심화된다는 점이다. 2010년 도입된 고교다양화 정책으로 인해 기존의 특수목적고등학교, 특히 과학고등학교, 외국어고등학교, 국제고등학교 58개교에 자율형사립고등학교 34개교까지 포함하면 92개교가 경쟁 선발을 하는 학교이다. 대학입시를 둘러싼 치열한 경쟁 교육 상황에서 이러한 경쟁 선발을 하는 학교가 늘어남으로 인해서 비평준화 시절의 문제점을 고스란히 반복하고 있다는 비판을 받고 있다.
더욱 심각한 것은 경쟁 선발을 하는 이 학교에 들어가기 위해서는 높은 비용의 사교육비를 지출해야만 하며, 고등학교 무상교육의 범주에서도 제외되기 때문에 교육 기회가 상층 계층의 자녀들에게만 부여된다는 점을 들어 계층간 불평등을 재생산하는 기제라고 비판을 받게 된다.
특수목적고등학교와 자율형사립고등학교가 많아짐으로 인해 일반계 고등학교 슬럼화 현상이 심화된다는 문제도 지적되었다. 중학교에서 어느 정도 공부를 잘하고, 집안 형편이 좋은 아이들은 모두 특수목적고등학교와 자율형사립고등학교에 진학하다보니 일반계 고등학교에 남아 있는 학생들은 성적 수준이 낮고 학습 동기가 떨어질 수 밖에 없다. 그러다보니 수업 분위기가 형성되지 않고 집단 무기력증에 빠져 공부에 관심이 없게 됨으로써 상대적으로 일반계 고등학교에 진학하면 불이익을 받게 된다. 특히 이러한 일반계 고등학교에 다니는 학생들의 가정배경이 높지 않기 때문에 교육을 통한 불평등 강화라는 역기능이 발생한다는 비판을 받고 있다.
전국의 고등학교 중에서 특수목적고등학교 50여개, 자율형사립고등학교 34여개, 비평준화 지역 선발형 고등학교, 국제고등학교 등을 포함하면 적어도 100여개의 성적 우수집단이 몰리는 소위 말하는 ‘입시 명문’고등학교들이 존재하고 있다. 다양한 프로그램을 통한 학교교육의 수평적 다양화, 특성화를 유도하겠다던 정책의 추진 결과 오히려 기존의 성적 지상주의적 관점이 더욱 강화되는 잘못된 결과를 목도하고 있다. 전국 고교가 상위 20~30%에 해당하는 ‘명문고 리그’와 ‘나머지 리그’로 나뉘고, 평준화는 껍데기만 남게 될 것이라는 우려가 나오고 있는 상황이다.
학령 인구의 감소로 많은 학교가 폐교를 하고 학급당 학생 수도 급감하는 큰 변화의 시기이다. 이럴 때일수록 고등학교 서열화, 차별화, 특권화라 비판받을 수 있는 특수목적고등학교의 수를 줄이고 일반고등학교 정상화를 위한 노력을 기울여 나갈 필요가 있다. 교육의 수월성과 평등성을 동시에 추구할 수 있는 제도 정착을 위한 노력이 필요한 시점이다.