한국양성평등교육진흥원은 양성평등 교육 및 성인지 교육을 체계적으로 추진하고 진흥시킴으로써 한국사회의 남녀 차별적 의식과 관행을 개선하고, 성별에 관계없이 개인의 능력과 소질을 계발할 수 있는 사회 기반을 조성하기 위해 2003년 설립되었다.
2006년에는 중앙공무원교육원, 2개 중앙부처 교육원, 2개 지방공무원 교육원, 방송영상산업진흥원, 2개 해외 양성평등 관련 기관과 양성평등교육과정 운영협약을 체결하였으며, 법정법인으로 전환하였다. 그 후 현재까지 필리핀 미리암대학, 몽골 경영아카데미, 베트남 여성연맹, 베트남 중앙여성훈련학교를 비롯한 국내외 기관과 양성평등 관련 사업교류 및 협력 협약을 체결하고 교육을 실시하고 있다. 또한 2010년에는 교육과학기술부로부터 원격교육연수원 설립 인가를 취득하여 인터넷상의 양성평등 교육을 실시하고 있으며, 2011년 현재 남부센터를 개설하였다.
주요 사업으로 양성평등을 위한 교육 및 진흥사업, 공무원에 대한 성인지 교육, 여성과 남성의 지도력 함양 교육, 성희롱 예방강사 등 전문인력 양성사업, 공무원 교육훈련기관의 양성평등 교육과정을 강화하기 위한 교류협력 지원사업, 양성평등 교육프로그램 개발 연구 및 관련 자료 출간사업, 국가ㆍ지방자치단체 및 공공기관 등의 위탁 사업을 추진하고 있다. 또한, 사회적 영향력이 있는 교육 현장 및 대중매체의 양성평등 모범 사례를 발굴하고 사회 전반의 양성평등 의식 고취를 위해 남녀평등상 제도를 운영하고 있다.
한국양성평등교육진흥원은 2009년 현재 성인지정책, 성별영향 평가, 리더쉽, 전문인력 양성 등의 분야에서 약 7,000여명을 교육하였으며 그 중 1/3이 공무원이었다. 조직 구성은 교수부, 교육운영부, 사업부, 창의경영부, 성별영향평가센터, 남부센터, 교류협력센터 등으로 되어 있다.