한국양성평등교육진흥원은 양성평등 교육 및 성인지 교육을 체계적으로 추진하고 진흥시킴으로써 한국사회의 남녀 차별적 의식과 관행을 개선하고, 성별에 관계없이 개인의 능력과 소질을 계발할 수 있는 사회 기반을 조성하기 위해 2003년 설립되었다.
2006년에는 중앙공무원교육원, 2개 중앙부처 교육원, 2개 지방공무원 교육원, 방송영상산업진흥원, 2개 해외 양성평등 관련 기관과 양성평등교육과정 운영협약을 체결하였으며, 법정법인으로 전환하였다. 그 후 현재까지 필리핀 미리암대학, 몽골 경영아카데미, 베트남 여성아카데미, UN여성기구를 비롯한 국내외 160여개 기관과 양성평등 관련 사업교류 및 협력 협약을 체결하고 교육을 실시하고 있다. 또한 2010년에는 교육과학기술부(현 교육부)로부터 원격교육연수원 설립 인가를 취득하여 온라인 양성평등 교육을 시작하였으며, AI시대를 맞이한 오늘날에는 학습자 맞춤형 교육과 콘텐츠를 언제 어디서나 손쉽게 이용할 수 있는 다양한 플랫폼을 운영하고 있다.