서울독립영화제는 한 해 동안 만들어진 독립영화를 평가하고 새로운 비전을 제시하며 독립영화와 관객과의 적극적인 만남과 배급 등 활로 모색을 시도한다는 목적을 갖는다. 또한도 독립영화의 새로운 시도와 도전을 격려하는 장이자 해외의 독립영화를 소개함으로써 독립영화인들의 창작의식을 고취시킨다는 목표를 지향한다.
1975년 ‘청소년영화제’란 명칭으로 영화진흥공사와 한국방송공사의 주최로 1일간 열리는 영화제로 출발하여 1988년까지 진행되었으나 1989년부터 영화진흥공사 단독주최로 ‘금관상영화제’로 명칭을 변경한 후 문화영화, 홍보영화, 청소년영화의 제작을 독려한다는 취지로 진행되었다. 1994년 금관상영화제에서 독립한 ‘금관단편영화제’로 진행되다가 1998년 ‘한국청소년단편영화제’로 이름을 바꿨으며 1999년부터 새롭게 출범한 영화진흥위원회와 더불어 ‘한국독립단편영화제’로 출발해 오늘날과 같이 본격적 경쟁영화제가 되었다. 2001년부터 한국독립영화협회가 공동 주최자로 참여하였고 현재까지 ‘서울독립영화제’로 명칭을 바꿔 국내 유일의 독립단편영화제의 입지를 구축하고 있다.
서울독립영화제의 행사는 국내경쟁부문, 국내초청부문, 국외초청부문으로 나누어 진행된다. 국내경쟁부문은 극영화 다큐멘터리 등 장르를 불문하고 출품된 35㎜와 16㎜ 필름 및 HD, Beta, DV 포맷의 디지털 비디오 작품을 대상으로 시상이 이루어진다. 국내 및 국외 초청부문은 국내외 독립영화 중 독립영화위원회가 기획초청한 작품이 상연된다.
일회성으로 그치는 영화제의 한계를 극복하기 위해, 전국 순회상영회, DVD 제작 및 배급, 온라인 상영회 등 다양한 활동을 실천하고 있다. 서울독립영화제는 독립영화의 다양한 배급경로를 꾸준히 모색해왔으며, 사전제작지원과 직접적인 마케팅 지원을 통해 독립영화의 실질적 제작 배급 환경에 주도적으로 개입하고자 한다.
2008년 다큐멘터리 「위낭소리」와 극영화 「똥파리」를 제작 지원해 많은 수익을 내며 독립영화의 가능성을 보여주기도 했다.
독립영화와 관련된 행사 중 가장 오랫동안 꾸준히 진행된 영화제로 한국독립영화의 변화·발전상을 보여주는 대표적 독립영화제이다.