해방직후 좌우 이념대립으로 파행적인 운영을 지속해 오다가 1956년부터 일본정부의 중재 아래 민단, 총련, 일본인 각각 3명씩으로 구성되는 이사회를 구성하고 나서 안정적인 운영에 들어갔다. 1966년에 도쿄 신주쿠(新宿)의 장학회관이 준공되어 이를 기본재산으로 하여 장학사업을 펼치기 시작했고 오늘날에 이르기까지 약 6만 명에게 장학혜택을 베풀어오고 있다.
조선장학회는 공익재단법인으로서 그 정관 제3조에는 “일본의 모든 학교에 재학하는 한국인·조선인 학생들에게 장학 원호를 시행하고 학술 장려와 연구 조성을 행하며 이를 통해 인재양성과 국제교류에 이바지하는 것을 목적으로 한다”고 되어있다.
이 재단은 1900년 대한제국의 도쿄 공사관이 조선인 일본 유학생들에게 장학사업을 전개한 것을 역사적 연원으로 삼고 있다. 일제강점기에 들어 조선총독부 산하기관이 유학생 관리업무를 담당하는 가운데 1926년 4월에 오늘날의 신주쿠 자리에 사무소를 개설했다. 1941년 2월부터 ‘조선장학회’라고 하는 명칭을 사용하기 시작했고 1943년 10월에 재단법인으로 등록했다. 2012년 8월 이 재단은 공익재단법인으로 등록하여 오늘에 이르고 있다.
일본에 재학하고 있는 한국인·조선인 학생을 대상으로 하여 장학생 선발, 각종 학술모임 개최, 자료실 운영 등을 실시하는 대표적인 민족단체이다.
현재 신주쿠 장학회관 뿐만 아니라 도쿄 시부야(渋谷)에 별관 건물을 소유하고 있고 오사카에도 지부 건물을 가지고 있다. 이 재단이 공개하고 있는 예산 정보에 따르면 2013년도 경상수익 1,093,059,000엔(円) 가운데 장학사업을 중심으로 하는 사업비로 997,601,000엔을 계상하고 있는 것으로 되어 있다.
정치적으로 중립을 유지하고 있으며 학술과 문화 사업을 통해 재일한인의 정신적인 지주가 되고 있는 대표적인 민족단체다.