파란해골 13호의 습격으로 할아버지가 세상을 떠난 뒤 산속의 동굴에서 생활하던 마루치와 아라치는 등산을 온 장박사와 양사범의 눈에 들어 도시로 가게 된다. 마루치와 아라치는 장박사와 양사범으로부터 태권도를 배운다. 태권왕을 선발하는 대회에 출전한 마루치는 결승전에서 갑자기 나타난 파란해골 13호 부하의 공격으로 치명상을 입고 쓰러진다. 마루치는 파란해골 13호에게 복수하겠다는 의지로 다시 일어선다. 파란해골 13호는 괴수로봇과 상어떼를 앞세워 세계 핵물리학자 회의가 열리는 수중공원을 공격해 장박사를 납치한다. 파란해골 13호는 장박사를 이용해 광속으로 나는 우주선을 만들어 지구의 왕이 되려 한다. 마루치와 아라치는 파란해골 13호와 대결에서 승리해 장박사를 구하고 지구의 평화를 지킨다.
MBC 어린이 라디오 연속극 「마루치 아라치」에 기초해 제작된 애니메이션이다. 「홍길동」(1967), 「로보트 태권브이」(1976) 등의 원화를 담당했던 임정규 감독의 첫 번째 애니메이션이다. 이전의 한국 애니메이션이 일본에서 아이디어를 차용해 제작되었다면, 임정규 감독의 「태권동자 마루치 아라치」는 한국인이 만든 오리지널 작품으로 완성되었다. 이 작품은 서울 관객 기준으로 16만 명을 동원해 비슷한 시기 개봉한 「로버트 태권브이 3 -수중특공대」를 넘는 흥행기록을 남겼다. 이 작품은 1988년 올림픽 개최를 앞두고 MBC를 통해 TV시리즈로 리메이크되기도 했으며, 류승완 감독의 「아라한 장풍 대작전」(2004)의 주인공 이름으로 차용되는 등 오랫동안 생명력을 유지해왔다. 한편 당시 관객들에게 큰 사랑을 받았지만 스토리 전개에 있어서는 개연성이 떨어진다는 평가를 받기도 했다.
임정규 감독은 이후「전자인간 337」,「별나라 삼총사」,「소년 007 은하특공대」 등 극장용 장편 애니메이션을 제작했으며 2018년 8월 9일 타계했다.