2014년 보물로 지정되었다. 석가모니여래좌상의 높이 146.5㎝, 아미타여래좌상의 높이 117㎝, 약사여래좌상의 높이 115㎝. 석가여래좌상의 왼손과 아미타여래좌상·약사여래좌상의 양손은 따로 제작하여 끼운 상태이다.
목조아미타여래좌상에서 발견된 발원문에 의하면 봉은사 목조석가여래삼불좌상은 1651년 조각승 승일(勝一), 이환(離幻), 설의(雪儀), 성조(性照), 도잠(道岑), 뇌일(雷日), 명눌(明訥), 삼응(三應), 초언(楚彦), 계철(戒哲)등이 대웅보전(大雄寶殿)에 봉안하기 위하여 조성한 것이다. 또한 1765년 목조석가여래좌상의 개금 발원문에 의하면 1689년에 발생한 화재로 인하여 소실된 본존 석가여래좌상을 새로 조성하여 대광보전(大光寶殿)에 아미타여래좌상과 약사여래좌상과 함께 봉안하였다고 한다.
주존인 석가여래좌상은 변형 편단우견(偏袒右肩)식으로 법의를 착용하고 가부좌를 하고 있다. 전체적인 비례는 적절한 편이며 하체가 튼실하여 안정감을 준다. 상체는 앞으로 약간 숙인 상태로 턱을 안으로 당겨 아래쪽을 바라보고 있다. 타원형의 머리에는 끝이 뾰족한 나발(螺髮)이 빼곡하게 있으며, 원통형의 정상 계주(髻珠)와 반원형의 중앙 계주를 갖추고 있다. 부드럽게 깎인 눈썹과 살포시 뜨고 있는 가늘고 긴 눈, 적당한 크기의 코, 살짝 다문 입, 큰 귀를 갖추고 있다. 목에는 가는 음각선 하나로 삼도(三道)를 나타냈다.
오른손은 손등을 위로 한 채 오른쪽 무릎 위에 두었고 왼손은 엄지와 중지를 맞댄 채 손바닥을 위로 하여 왼쪽 무릎 위에 올려놓았다. 손에는 ∦자 모양의 손금과 손톱이 사실적으로 표현되어 있다. 법의는 대의(大衣)와 승각기(僧脚崎) 등으로 이루어져 있는데, 신체의 굴곡을 따라 유기적으로 처리되었다. 승각기의 띠 윗부분은 연꽃잎을 겹쳐 놓은 듯한 모습으로 겹쳐진 주름을 표현하였다.
아미타여래좌상은 머리가 신체에 비해 큰 편으로, 아담한 비례를 보여준다. 불상은 통견(通肩)식으로 법의를 착용하고 가부좌를 하고 있다. 타원형의 머리 형태에 끝이 뾰족한 나발들과 원통형의 정상 계주, 반원형의 중앙 계주가 표현되어 있다. 상호는 장방형에 가까운 둥근 모습으로, 부드럽게 조각된 눈썹 선과 양옆으로 살짝 올라간 가늘고 긴 눈, 음각선으로 콧방울이 새겨진 적당한 크기의 코, 가늘고 긴 입, 귓불이 큼직한 커다란 귀를 갖추고 있다.
오른손은 손목을 살짝 꺾어 손바닥을 앞으로 보이게 한 다음, 엄지와 중지를 맞대고 있으며, 왼손도 엄지와 중지를 맞댄 채 손바닥을 위로 하여 왼쪽 무릎 위에 자연스럽게 올려놓았다. 손에는 ∦자 모양의 손금과 손톱이 사실적으로 표현되어 있다. 법의는 대의와 승각기 등으로 이루어져 있는데, 생략된 법의 주름은 신체의 굴곡을 따라 유기적으로 표현되었다.
약사여래좌상은 전체적인 비례, 얼굴 표정, 수인, 착의법과 법의 주름의 표현 등에서 목조아미타여래좌상과 비슷하다.
봉은사 목조석가여래삼불좌상은 예배 대상으로서 지녀야 할 종교성과 작품으로서 갖추어야 할 예술성을 잘 보여주는 불상이다. 비록 석가여래좌상의 조성 연대가 협시 불상에 비해 늦지만, 소실되기 전의 모습을 답습하려는 듯 전체적인 비례와 얼굴 표정은 같다. 특히 석가여래좌상의 오른쪽 팔목에 표현된 튀어나온 뼈는 인체에 대한 세심한 관찰력과 표현력을 갖춘 조각승의 수준을 보여 준다.
봉은사 목조석가여래삼불좌상은 조성 발원문과 개금(改金) 발원문을 통하여 중앙의 석가모니여래좌상이 좌우의 아미타여래좌상, 약사여래좌상보다 후대에 조성되었다는 것을 알 수 있다. 그러나 조형적으로 우수하고 조각승 이름까지 밝히고 있어서 조선시대 불교조각사 연구의 중요한 기준작이 된다. 또한 삼불좌상은 석가모니여래, 아미타여래, 약사여래로 구성된 삼세불(三世佛)로서 조선시대 불교세계관을 이해하는데 중요한 자료이다.