2007년 서울특별시 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 석가불 높이 66.8㎝, 무릎 폭 48㎝, 가섭존자 높이 76㎝, 어깨 폭 23.5㎝, 아난존자 높이 73.8㎝, 어깨 폭 24㎝. 목조석가모니불좌상은 도금(鍍金)되어 있으며, 불상의 대좌와 목조가섭존자상, 목조아난존자상은 채색이 입혀진 상태이다. 불상의 왼손은 따로 제작하여 끼운 상태이다.
봉은사 목삼존불상은 불상 대좌에 “건륭(乾隆) 10년”이라는 묵서(墨書)가 있어서 1745년에 태원(泰元) 세준(世峻) 상정(尙淨) 등이 제작한 것을 알 수 있다. 삼존불상 뒤의 후불화(後佛畵)에는 1895년에 개금(改金)하였다는 화기(畵記)가 있어 불상이 개금되었을 가능성이 높다.
목조석가여래불좌상은 통견(通肩)식으로 법의를 입고 항마촉지인(降魔觸地印)을 한 채 가부좌하고 있다. 불상은 머리를 앞으로 살짝 숙여 아래쪽을 응시하고 있다. 오른손은 오른쪽 무릎 위에 살짝 올려놓은 촉지인 모습이며, 왼손은 엄지와 중지를 맞댄 상태로 손바닥을 위로 한 채 왼쪽 무릎 위에 올려놓았다. 불상은 작지만 어깨가 넓고 하반신이 두꺼워 건장한 모습의 안정된 자세를 갖추고 있다. 양쪽 무릎을 덮고 내려오는 법의 자락에서는 역동감을 느낄 수 있다.
상호(相好)는 이마의 폭이 넓고 턱 부분이 약간 좁은 타원형으로, 큰 귀와 가늘고 긴 눈, 살짝 미소를 머금고 있는 입을 가지고 있다. 머리에 비해 큼직큼직한 나발(螺髮), 머리와 경계가 구별되지 않는 육계(肉髻), 다소 형식화된 듯한 원통형의 정상 계주(髻珠)와 반원형의 중앙 계주, 신체의 윤곽선이 거의 드러나지 않는 두꺼운 법의 등에서 다소 형식화된 느낌이 든다.
불상 좌우에서 협시하는 가섭존자상과 아난존자상은 4등신 내지 5등신의 비례를 갖추고 있는 조선 후기 나한상들의 조형에서 크게 벗어나지 않는 모습이다. 이들 존자상은 석가모니의 제자답게 합장한 채 공손한 자세를 취하고 있다. 나이 든 모습의 가섭존자상(迦葉尊者像)은 정수리 부분이 솟구쳐 올라와 있으며, 가사를 걸치고 있는데 복부에는 요포(腰布) 같은 것을 겹쳐 입었다. 젊은 수행자의 모습을 한 아난(阿難)존자상은 원령(圓領)의 내의(內衣)와 군의(裙衣)를 입고 그 위에 가사를 걸치고 있다.
봉은사 목삼존불상은 크기가 작고 약간 형식화되긴 하였지만, 장중한 느낌의 신체 비례와 특징을 갖춘 불상과 수행자로서의 정신적인 면모를 보여주는 존자상들로 구성되어 있다. 불상은 불상답게, 존자상은 수행자답게 존격에 맞게 표현되었다는 것이 특징이다.
봉은사 목삼존불상은 불상 대좌에 기록된 묵서를 통하여 1745년에 조성되었다는 것을 알 수 있다. 목삼존불상은 임진왜란과 병자호란 이후 17세기 중반부터 활발해진 큰 규모의 불상을 제작하던 단계를 지나 사찰의 부속 건물에 봉안하기 위하여 조성되었던 불상의 기준작이라는 점에서 주목된다.