2000년 전라북도 유형문화재(현, 전북특별자치도 유형문화유산)로 지정되었다. 불상은 높이 66㎝, 무릎 폭 47.1㎝. 불상에서 발견된 조성발원문은 지금까지 공개된 적이 없어 조성 사찰이나 조각승 등에 대해 알려진 것이 없으나 사찰 측에 의하면 1715년(숙종 14)에 제작되었다고 한다.
문수사 목조아미타여래좌상은 높이가 66㎝인 중형 불상으로, 상체를 곧게 세우고 머리를 앞으로 살짝 내밀고 있다. 머리에는 경계가 불분명한 육계(肉髻)와 뾰족한 나발(螺髮)이 표현되어 있고, 머리 중앙에 반원형의 중간계주(中間髻珠)와 정수리에 윗부분이 둥글고 낮은 원통형의 정상계주(頂上髻珠)가 있다. 각진 얼굴에 가늘게 뜬 눈은 눈꼬리가 약간 위로 올라가고, 삼각뿔에 가까운 코는 콧날이 곧게 뻗었으며, 입은 은은한 미소를 보인다. 목에는 삼도(三道)가 희미하게 새겨져 있다.
오른쪽 어깨에 걸친 대의(大衣)자락은 목에서 가슴까지 V자형으로 짧게 늘어지고 나머지 대의자락이 팔꿈치와 배를 지나 왼쪽 어깨로 넘어간다. 오른쪽 어깨에 걸친 편삼과 대의자락이 배에서 접혀 있고, 하반신에 늘어진 대의 자락은 배에서 수직으로 짧게 늘어지고 나머지 대의 자락이 좌우로 펼쳐져 있다. 왼쪽 무릎에는 소매 자락이 뾰족하게 늘어져 있다. 대의 안쪽에 입은 승각기(僧脚崎)는 상단을 수평으로 마무리하고 대각선으로 접었다. 불상 뒷면의 대의 처리는 목둘레에 끝단을 두르고, 왼쪽 어깨에 앞에서 넘어온 대의자락이 길게 늘어져 있다. 수인은 양손을 배 높이까지 올리고 엄지와 중지를 맞대고 있다. 이와 같은 수인은 조선 후기에 제작된 석가불을 제외한 여래상과 보살상이 취한다.
18세기 전반의 기년명(紀年銘) 불상들과 비교해 보면, 이 불상은 착의법이나 신체 비율 등에서 1700년부터 1720년 사이에 제작한 불상들과 유사하다. 그러나 18세기 전반에 활동한 조각승인 진열이나 하천 등이 만든 불상과는 얼굴에서 풍기는 인상이나 착의법 등에서 차이가 있다.
문수사 목조여래좌상은 1715년에 제작되었다는 기록이 남아있어 조선 후기 불교조각사에서 기준 작품이 된다. 이 불상을 만든 조각승의 이름은 밝혀지지 않았지만, 18세기 전반 불상 양식의 다양성 연구에 중요한 자료이다.