1864년(고종 1) 고종의 즉위와 함께 수렴청정을 맡았던 대왕대비 조씨(趙氏)의 전교를 위시하여 1866년(고종 3) 친정을 시작한 고종의 연속적 명령에 의하여 전국의 서원과 사우에 대한 훼철이 단행되었다. 1864년 전국 서원에 대한 현황 조사를 시작으로 이듬해 만동묘(萬東廟)가 철폐되었고, 1868년(고종 5) 미사액 서원에 대한 정리와 1871년 사액서원에 대한 전국적인 훼철령이 시행되었다. 이로 인해 전국의 원사(院祠)는 ‘1인 1원’을 기준으로 47개소만을 남기고 철폐되었다.
16세기 발흥한 조선의 서원은 인재 양성과 선현 제향, 유교적 향촌 질서의 유지 등 긍정적 기능을 발휘했으나, 17세기 이후 전국적으로 확산하면서 정치사회적 폐단이 나타났다. 이에 조정에서는 1703년(숙종 29) 서원을 사사로이 건립하는 경우, 지방 수령을 처벌하고 주도한 유생은 과거에 응시하지 못하도록 하는 서원 금령을 시행하였다.
이후 1741년(영조 17) 영조는 서원을 ‘당쟁의 소굴’로 지목하여 300여 개소를 철폐하였다. 이러한 조정의 서원 통제책은 지속되었고, 1862년(철종 13)에도 신설 서원에 대한 철폐 조치가 내려졌다.
1864년 대왕대비 조씨는 전국 원사의 현황과 소속 결총(結摠) 및 보액(保額)을 조사하는 한편, 1741년(영조 17) 이후 사사로이 건립한 서원을 철폐하고 첩설(疊設)을 엄금하라고 지시하였다. 이듬해 1865년(고종 2) 만동묘의 철폐를 명하였다. 만동묘는 송시열(宋時烈)의 유지에 따라 중국 명나라의 마지막 황제인 신종(神宗)과 의종(毅宗)을 추모하기 위해 설립된 사당으로 복주촌(福酒村: 춘추 향사 때 유생들의 음식 마련을 위해 운영하는 주막)의 폐해, 묵패(墨牌: 서원 제수 비용을 거두어들이기 위한 고지서)를 이용한 대민 토색으로 지탄 받고 있었다. 당시의 조치는 경향(京鄕)에 충격으로 받아들여져 전국 유림의 반대를 불러왔다.
이후 경복궁 중건이라는 큰 공사가 진행되고 병인양요(丙寅洋擾)를 겪으면서 재정적으로 곤란에 처해 있던 고종 초년의 조정은 서원 철폐를 본격화하였다. 1868년(고종 5) 고종은 서원을 ‘망국의 근본’이라 지목하며 미사액 서원(未賜額書院)에 대한 철폐를 단행했다. 이러한 결정은 특히 흥선대원군(興宣大院君)을 앞에 내세워 ‘대원위분부(大院位分付)’의 형식으로 예조 관문을 통해 각 고을에 하달되었고, 해당 서원의 대부분이 철폐되었다. 또한 사액서원에 대해서도 서원 면세전을 폐지했고, 서원 원장을 지방의 수령이 맡도록 하여 지방 유림의 영향력을 박탈하였다.
이어 1871년(고종 8) 남아있는 사액서원도 훼철하라는 명령을 전국에 내렸다. ‘1인 1원’이외에 첩설된 곳은 모두 철폐하도록 하였고, 존치하는 서원과 사우의 경우 도학은 문묘 종향인을, 충절은 충절 대의를 기준으로 하여 예조에서 선별하도록 명령하였다. 이에 따라 예조에서는 조정에 보고하여 47개 서원을 선정하였고, 나머지 서원들은 모두 훼철하도록 하였다.
미사액과 사액서원에 대한 훼철 조치에 대해 지방 유생들은 통문, 유회(儒會), 연명 상소 등을 통해 저항했지만, 조정의 강력한 의지 앞에 성과를 거두지 못하였다. 훼철령의 실효를 거두기 위해 중앙에서는 명령을 제대로 시행하지 않는 관찰사와 수령들을 견책하거나, 거듭 관문으로 독촉하여 훼철령을 강력하게 추진하였다. 이에 각 군현의 수령들은 서원 건물을 허물어 위패를 매안했고, 서원 재산의 속공, 원생과 원보의 군정 충원 등을 단행하여 47개소의 서원만을 존치시켰다.
존치한 47개의 서원은 ‘묘(廟) 1, 원(院) 26, 사(祠) 20’으로 문묘에 배향되어 있는 설총 등 16인이 주향인 서원 16개와 충절 대의로 파악된 31개의 묘 · 서원 · 사우였다. 지역별로 보면, 경기도 12, 충청도 5, 전라도 3, 경상도 14, 강원도 3, 황해도 4, 평안도 5, 함경도 1곳이었다.
서원훼철령은 서원을 둘러싼 적폐를 해소하고 향촌의 재지 지배층을 견제하기 위해 추진되었다. 고종은 이를 통해 약화한 왕권을 강화하고, 동시에 궁핍한 국가 재정을 충원하고자 하였다.