신인 가수의 발굴과 등용, 그리고 오페라 보급을 위해 1968년 소프라노 김자경에 의하여 서울에서 대한민국 최초의 민간 오페라단으로 창립되었다.
비전속제로 공개 경쟁을 통하여 출연할 가수를 선정하여 1968년 5월 서울 시민회관에서 창단 공연으로 베르디(Verdi, G. F.)의 「춘희: 라 트라비아타」를 공연한 이래 1999년 8월 서울 예술의전당 오페라극장에서 무대에 올려진 「춘희」까지 정기 공연 55회를 포함하여, 청소년을 위한 공연과 부산 · 대구 · 대전 · 광주 등지에서 모두 1,000여 회의 공연을 가졌다.
특히 김자경이 타계하기 직전인 1999년의 「춘희」 공연에 대해 당시 『한국일보』는 “커튼콜 때 김자경오페라단 대표 김자경씨는 휠체어에 몸을 의지한 채 등장해 객석에 인사를 보냈다. 48년 한국 최초 오페라 「춘희」의 비올레타였고 평생을 오페라에 바친 그가 걷지도 말하지도 못하는 불편한 몸으로 무대에 나타났을 때, 객석은 기립 박수로 경의를 표했다.”라고 보도하였다.
김자경 타계 이후 심각한 운영난에 빠지기도 하였지만 2010년 MJ경영연구원의 컨설팅 도움으로 사회적 기업 지정을 통해 활동의 부활에 성공하였다는 기록이 있으며, 이후 김자경오페라단의 활동은 교육 사업과 갈라 콘서트를 중심으로 지속되고 있다. 2018년 11월 18일 김자경오페라단 50주년 기념 오페라 갈라 콘서트가 예술의전당 콘서트홀에서 개최되었다.
그동안 베르디의 「춘희」 · 「아이다」 · 「리골레토」 · 「일 트로바토레」, 도니체티(Donizetti, G.)의 「사랑의 묘약」, 푸치니(Puccini, G)의 「토스카」 · 「나비부인」 · 「라 보엠」 · 「마농레스코」 · 「수녀 안젤리카」 · 「자니스키키」, 로시니(Rossini, G. A.)의 「세빌리아의 이발사」, 구노(Gounod, C. F.)의 「로미오와 줄리엣」, 비제(Bizet, G.)의 「카르멘」, 웨이드(Wade, J)의 「순교자」 등을 공연하였다.
우리나라 작곡가의 창작 오페라로는 장일남(張一男)의 「원효대사」와 「춘향전」, 김동진(金東振)의 「심청전」과 「춘향전」, 박재열(朴在烈)의 「심청가」, 현제명(玄濟明)의 「춘향전」, 박재훈(朴在勳)의 「에스터」, 이건용(李建鏞)의 「솔로몬과 슬람미」 등을 공연하였다.
초기에는 외국어 가사의 번역 문제, 오페라의 연출 문제 등 문제점을 노출했으나 우리나라 오페라 운동에 끼친 공은 매우 크다. 특히 오페라의 대중화와 오페라 인구의 저변 확대에 대해 기여한 공이 높이 평가되고 있다.