조선 태조 때 큰 독기(纛旗)가 강류를 따라 지금의 뚝섬 부근으로 떠내려 오자 나라에서 이곳에 독제소(纛祭所)를 설치하고 봄 · 가을로 제사 드린 데서 유래하였다.
둑섬, 뚝섬, 둑도, 뚝도, 살꽂이벌, 전관, 전교, 동교 등의 명칭으로 불렸으며, 한자로는 독도(纛島)라고 표기한다.
조선시대에는 특히 장안평(長安坪: 지금의 동대문구 장안동)과 더불어 관마(官馬)의 목마장이었고 군대의 열무장(閱武場)이기도 하였다. 특히, 자마(雌馬)를 풀었으므로 ‘자마장’이라는 지명이 남아 있다.
1949년 서울특별시로 편입되기 이전에는 한강 수운(水運)의 중요한 구실을 담당하였고, 숯과 장작의 집산과 근교농업지로도 유명하였다. 하항(河港)으로서의 기능을 상실한 뒤로 한강변은 유원지로 변하였다.
1950년대 후반 이래 중소 공장들이 모여들게 되면서 도시화가 급속히 진전되었으며, 1960년대에 들어와서는 대규모의 주택단지와 상가가 들어섰다.
뚝섬 지구의 도시화는 서울특별시 동부 교외 지역 도시화의 대표적인 경우로서, 서부 지역인 성수동이 공업 지대화한 반면 동부 지구인 자양동 · 구의동 일대는 주택 단지가 조성되었다. 1995년에는 뚝섬 지구개발 계획이 발표되어 이 일대의 도시화가 가속화되었다.
2000년대에 들어서 뚝섬 개발사업의 일환으로 대규모 녹색공원 서울숲이 조성되었다. 서울숲은 숲을 테마로 한 공원으로 장대하고 울창한 숲과 넓은 잔디밭, 숲속 호수와 한강, 중랑천이 어우러지는 서울을 대표하는 도심 속의 숲으로서 약 2,352억원을 들여 조성 완료하고 2005년 6월 18일에 개원하여 일평균 5만여 명이 이용하고 있다. 크게 문화예술공원(22만㎡), 생태숲(16만㎡), 자연체험공간(8만5천㎡), 습지생태원(7만㎡) 등 4개 테마구역으로 조성되어 있다.
최근 서울시는 한강르네상스 계획의 일환으로 한강공원을 중심, 강동, 강서 대권역으로 크게 구분하고, 배후지의 토지이용, 경제 · 문화적 가치와 잠재력을 고려한 개발계획 중에 있다.
뚝섬 한강공원은 옛 추억의 유원지 성격을 담아 어뮤즈먼트 공원으로 조성하고, 지하철역이 공원 내에 위치한 뛰어난 접근성을 활용하여 가족들이 즐기는 공간으로 특화한다. 둔치에 완만한 경사를 두어 침수성을 높이고 청담대교 하부공간은 새로운 예술 공간인 갤러리로 조성할 계획에 있다.