2014년 보물로 지정되었다. 전체 높이 1.2m. 상원사의 청량선원(淸凉禪院) 내 1466년(세조 12년)에 제작된 목조문수동자좌상(국보, 1984년 지정)과 나란히 놓여져 있다.
상원사 목조문수보살좌상은 1973년 개금(改金)때 복장(腹藏)에서 발견된 연기문(緣起文), 즉 “신룡 원년부터 순치 18년 신축년에 이르기까지 옛날과 마찬가지로 3번 중창했다. 문수존상을 조성하고 아울러 36화형을 조성했다(‘自神龍元年至順治十八年辛丑如舊三中創文殊尊像造像幷三十六化形)”는 내용을 통해 순치 18년(1661. 현종 2년)에 조성된 문수보살임이 밝혀졌다.
세부의 표현을 살펴보면, 방형(方形: 네모반듯한 모양)의 얼굴에 눈 · 코 · 입이 단정하며 표정이 엄숙하다. 머리 위에는 화려한 불꽃무늬의 보관(寶冠)을 쓰고 있고, 그 아래로는 몇 가닥의 보발(寶髮)이 흘러내리고 있다. 보관 양 옆으로는 리본 모양의 관대(冠帶: 관의 띠)가 있으며, 바람에 날리는 듯 U자형으로 꺾어져 위로 올라간다. 귀는 길어 늘어져 있으며, 두 가닥의 보발이 귓볼을 감싸고 있다.
마치 불상의 불의(佛衣)와 같은 모양의 천의(天衣: 천인(天人)이나 선녀의 옷)는 통견(通肩: 어깨에 걸침)으로 걸쳐져 있다. 천의의 두께가 두꺼워 신체의 윤곽은 거의 드러나지 않는다. 양 무릎의 폭이 넓어 안정감이 있으며, 당대의 다른 조각에 비해 옷주름이 유려하고 힘이 있지만 형식화를 면하지 못하였다. 따로 만들어 끼운 양손은 매우 섬세하게 조각되어 있다. 왼손은 가슴까지 들고 오른손은 다리 위에 얹어 기다란 연꽃가지를 잡고 있다.
신체 위에 영락(瓔珞: 구슬을 꿰어 만든 장신구) 장식을 전혀 하지 않고 있다는 것과 불상의 불의와 같은 천의를 입고 있다든지, 그 가운데 수평으로 가로지른 내의가 있으나 내의의 띠 매듭이 표현되어 있지 않은 점 등은 이 작품이 조선 중기에 제작된 것임을 입증해 주는 것이다.
상원사 목조문수보살좌상은 1661년 상당한 지위에 있던 발원자에 의해 조성된 것으로 짐작된다. 그리고 당대 최고의 기술로 조성된 격조 높은 작품이라고 할 수 있다. 거의 비슷한 크기로 손 모양을 서로 대칭되게 하고 나란히 놓여져 있는 상원사의 문수동자상과 문수보살상은 정확한 제작 연대를 알 수 있는 조선시대의 불교 조각이다. 조선시대 불교 조각사 연구의 대표적인 기준 작들이라고 할 수 있다.