정면 3칸, 측면 3칸의 다포계(多包系) 겹처마 팔작지붕건물. 1978년 충청남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 자연석을 쌓아 만든 기단 위에 서향으로 서 있다.
정면 3칸은 같은 간격으로 나뉘어 있고, 가운뎃칸에는 4분합(分閤) 빗살문을, 양 옆칸에는 4분합 띠살문을 달았으며, 3칸 모두 문인방 위에 교창(交窓 : 창문 위에 두는 낮은 창)을 두었다. 측면과 뒷면은 문을 두지 않은 판장벽(板張壁)이다.
내부는 바닥에 우물마루를 깔고, 뒤쪽에 불단을 놓아 삼존불(三尊佛)을 안치하였으며, 불상 위에는 닫집[唐家]을 설치하였다. 공포(栱包)는 포작수(包作數)가 1출목(一出目)이며 첨차 끝 쇠서 위에 연꽃 조각을 장식하였다.
내부 가구(架構)는 불단 좌우의 고주(高柱)와 앞뒤의 평주(平柱)를 대들보로 연결하고 이 위에 충량(衝樑)을 놓았다. 천장은 우물천장을 한복판에 가설하고 그 둘레에 빗천장[傾斜天障]을 만들었다.
이 건물은 고려 성종 3년(984)에 여철화상(如哲和尙)이 중수한 적이 있다고 하며, 지금의 건물은 1906년에 일봉화상(日峰和尙)이 다시 지은 것을 1946년에 만허화상(滿虛和尙)이 중수한 것이다.
한편, 신원사는 계룡산 연천봉 남쪽 기슭에 자리잡고 있는데, 백제 말기인 의자왕 11년(651)에 열반종(涅槃宗)의 개종조(開宗祖)인 보덕화상(普德和尙)이 창건하였다고 전한다. 최근에 경내에서 연꽃무늬 새긴 와당과 귀면와(鬼面瓦) 및 치미편이 출토되어 창건시기에 대한 연구에 귀중한 자료로 주목되고 있다.