조선시대에는 양화도·나의주 등으로 불렸다. 현재 국회의사당 자리인 양말산은 홍수에 잠길 때도 머리를 살짝 내밀고 있어서 ‘나의 섬’ ‘너의 섬’하고 말장난처럼 부르던 것이 한자화 되어 여의도가 되었다고 한다.
여의도의 면적은 2.9㎢이고(여의도동 면적은 8.4㎢), 영등포와는 작은 샛강을 사이에 두고 떨어져 있다. 모래땅으로 된 범람원으로 방목(放牧)이 행해졌었다.
조선시대에는 한성부 북부 연희방 여의도계 여의도였고, 갑오개혁 때 한성부 북서 연희방 여의도계 여의도였다. 일제강점기 때는 경성부 연희면 여의도였고, 1914년 율도와 함께 용강면 여율리라고 했다가 1936년 경성부에 편입되어 여의도정이라고 하였으며 1943년 영등포구역소에 속하였다. 1946년 일제식 동명을 우리말로 고칠 때 서울시 영등포구 여의동이 되었다.
1916년 이곳에 간이비행장을 건설함으로써 섬의 존재가 알려지기 시작하였다. 1936년 김포비행장 건설 후에도 여의도비행장은 그대로 존속되어왔고, 광복 후에는 미군이 한때 사용하였다. 1968년에 서울시에서 윤중제(輪中堤)공사를 착공한 뒤 오늘날과 같이 상업·금융업무·주거지구로 발전하게 되었다.
1970년에 서울대교, 1981년에 원효대교가 완성됨으로써 여의도가 서울에서 차지하는 비중은 더욱 높아졌다.
2009년 2월 현재 33,295명(남 16,143명, 여 17,152명)이 거주하고 있으며 영등포구의 34.5%의 면적으로 차지하고 있다.
현재 여의도공원을 중심으로 서쪽에 국회의사당·KBS본관 등이, 동쪽에는 전국경제인연합회·증권거래소·아파트군이 자리잡고 있다. 여의동에는 현재 공공기관 19개, 언론기관 5개, 복지시설 17개, 종교시설 8개, 체육시설 2개, 병·의원 60개, 학교 6개, 금융 59개, 공원 5개, 시장(마트) 2개, 백화점 2개가 자리잡고 있다.