한국불교태고종에 속한다.
670년(문무왕 10) 원효(元曉)가 창건하여 산 이름을 백운산, 절 이름을 백운사(白雲寺)라 하였다고 한다. 조선시대에는 흥선대원군 이하응(李昰應)이 이 절에 머물면서 10년 동안 기도하였으며, 또한 절 뒷산에 아버지 남연군 이구(李球)의 묘를 쓰려다 아들의 등극을 위해 기도하던 곳에 시신이 들어와서는 안 된다고 하여 옮기지 못했다.
1860년 무렵 여단포에 사는 어부 윤(尹)씨가 작약도 근해에서 옥으로 조성된 불상을 건져 올려 이 절에 봉안했다고 한다. 이에 따라 1864년(고종 1) 흥선대원군이 옛터에 옮겨 짓고, 이름을 구담사(瞿曇寺)에서 용궁사로 고쳤다. 『전등본말사지(傳燈本末寺誌)』에는 이때 흥선대원군이 구담사라고 이름을 바꿨다고 했으나, 이는 사실과 다르다. 언제 백운사를 구담사로 이름을 바꿨는지는 알 수 없다.
1884년(고종 21) 관음전을 세웠으며, 1916년 주지 김대원(金大圓)이 이응선(李應善)의 시주로 법당의 감실(龕室)을 만들었다. 1936년 주지 김흥근(金興根)이 중수했으며, 1966년 용황각을 세웠다.
건물로는 관음전을 비롯하여 칠성각, 용황각, 요사 등이 있다. 요사는 1854년에 옮겨 지은 것인데, 원주형의 싸리나무 기둥을 비롯하여 뒷면의 덧문, 건물의 여러 곳에 부착되어 있는 태극무늬의 목판이 원형을 유지하고 있어서 조선 후기의 목조건물 양식을 연구하는데 귀중한 자료로 평가된다.
유물로는 1880년에 竺演(축연)과 宗現(종현)이 조성한 용궁사 수월관음도를 비롯하여 목조보살좌상, 지장탱화, 신중탱화 등이 있다. 용궁사 편액은 1854년 흥선대원군이 쓴 것이다. 목조보살좌상은 중국에서 모셔 왔다고 구전되는 것으로 제작연대는 알 수 없으나, 1936년에 김흥근이 개금한 적이 있다. 지장탱화는 1910년에 조성되었고 신중탱화는 지장탱화와 같은 시기에 조성된 것으로 추정된다. 용궁사 수월관음도는 2016년 인천광역시 유형문화재(현, 유형문화유산)으로 지정되었다.