직제로는 판관과 녹사가 있어 그들이 실무를 담당하였을 것이나, 일반적으로 도감에는 사(使), 부사(副使)가 설치되고 때로는 판사(判事)[후기에는 제조(提調)]가 있는 경우도 있다. 이 경우에도 사, 부사, 판관, 녹사의 체제를 갖추었을 것이나, 앞서 언급한 이서종과 정운경처럼 판관은 실제 역임한 사례를 찾을 수 있는 반면 녹사의 경우는 그 실제 사례를 현재로서는 찾기 어렵다. 또 사, 부사는 일종의 겸직이어서 도감의 해당 업무가 끝나게 되면 본래의 관직으로 돌아갔을 것이다. 판관, 녹사는 비록 권무직(權務職)이라도 본관이기 때문에 그대로 도감에 남아 사실상 명목만 남은 도감의 잔여 업무를 수행하였을 것이다. 이 때문에 『고려사』의 「백관지」에도 판관과 녹사만이 구성원으로 기록되었을 것이다.
1391년(공양왕 3), 이 기구의 포(布) 2,000필(匹)을 내어 연복사(演福寺)의 탑(塔)을 수리하는 비용으로 충당하였다는 기록은 이 기구의 경제적 위치와 불교의 관계를 살피는 데 중요한 의의를 가진다.
도감이 설치되던 당시의 고려에서는 홍건적(紅巾賊)과 왜구(倭寇)의 침입에 따른 국태민안(國泰民安)을 위한 기도와 노국대장공주(魯國大長公主)의 명복을 비는 거국적인 불교 행사가 자주 거행되던 상황이었다. 더욱이 신돈(辛旽)이 당시의 최고 실무 책임자였다는 시대적 배경을 통하여 볼 때 임시 관부인 홍복도감 등을 통한 사찰의 경제적 지원 내지는 불교 진흥 정책(佛敎振興政策)이 당시에 적극적으로 추진되어 왔음을 알 수 있다.
그러나 고려 말, 주자학(朱子學)을 정치 윤리로 하는 신흥사대부(新興士大夫)들이 억불 숭유 정책(抑佛崇儒政策)으로, 불교와 밀접한 관련을 맺고 있던 홍복도감을 비롯한 기관의 폐단을 들어 불필요성을 주장했다. 그리고 1391년에 이르러 이를 폐지하고 그 대신 자섬저화고(資贍楮貨庫)를 세워 저폐(楮幣)를 만들자는 논의를 할 정도로, 그 재력을 바탕으로 한 경제적 측면을 강조하였다.