대한불교조계종 제12교구 본사인 해인사(海印寺)의 말사이다. 665년(문무왕 5) 혜통(惠通)이 창건하여 월명사(月明寺), 또는 숭의사(崇義寺)라고 하였다.
808년(애장왕 9) 원측(圓測)이 중건하였고, 1194년(명종 24)에는 월명(月明)이 중건하였다. 1592년(선조 25) 임진왜란 때에는 이 절에서 승병들을 양성하여 왜적과 싸웠으며, 진주성(晉州城)이 함락된 뒤에도 계속 승병들이 모여 들어 이 절을 중심으로 항전하였다. 당시 절 이름을 관항사(觀項寺)로 불렀는데, 승병들의 항전을 기려 나라에서 의곡사라는 이름을 내렸다. 그러나 의곡사라는 이름이 이미 조선 초기에 나타나므로 고려 말기에 바뀐 것으로 보는 견해도 있다. 임진왜란 때 이 절이 불에 타자, 1618년(광해군 10) 목사(牧使) 남이흥(南以興)이 주지 성간(性侃)을 도와 재건하였다. 그 뒤 1879년(고종 16) 덕운(德雲)이 중수하였고, 1898년(광무 2) 석종(石宗)이 중수하여 오늘에 이르고 있다.
현존하는 건물로는 대웅전을 비롯하여 천불전 · 적묵당 · 감로당 · 회광당 · 종루 · 천왕문 · 일주문이 있다.