본관은 영천(永川). 자는 준수(俊秀), 호는 학동(鶴洞). 증좌통례 이종림(李宗林)의 증손으로, 할아버지는 생원 이세헌(李世憲)이다. 아버지는 이여해(李汝諧)이며, 어머니는 일선김씨(一善金氏)로 사직(司直) 김형손(金亨孫)의 딸이다.
성균관의 유생으로 1562년(명종 17) 별시문과에 병과로 급제, 성균관학유(成均館學諭)를 시작으로 경주·안동 교수를 거쳐, 성균관전적(成均館典籍)·형조정랑·예천군수 등을 지냈다.
1586년(선조 19) 청송부사가 되고, 사성(司成)이 되어 성균관의 제생들의 학문 풍토를 바로잡는 데 앞장섰으며, 이어 내자시정(內資寺正)이 되었다. 1592년(선조 25) 초 닥쳐올 전쟁의 기문을 예상한 조정에서 이광준을 강릉부사로 보냈는데, 이광준은 많은 전공을 세워 통정대부(通政大夫)에 올랐다.
이듬해 새로운 관찰사와 뜻이 맞지 않아 물러나 행재소(行在所)에 갔다가 1599년(선조 32) 판결사를 거쳐, 충주목사가 되었다. 1602년(선조 35) 형조참의를 거쳐, 이듬해 강원도관찰사를 역임하고, 그 뒤에는 벼슬에 뜻이 없어 구봉령(具鳳齡)과 덕의(德義)를 강론하며 지냈다.