대한예수교장로회(고신) 총회가 운영하는 대학으로서, 1946년 9월 목사 주남선(朱南善)·한상동(韓相東)이 고려신학교(高麗神學校)로 설립하였다.
일제강점기에 신사참배 거부로 6, 7년간의 옥고를 치른 뒤 광복과 함께 출옥한 이들은 한국교회의 재건과 진실한 전도사를 양성하기 위하여 부산광역시 좌천동 금성중학교의 교사 두 칸을 빌려 신학교를 설립하였다.
이듬해광복동으로 교사를 옮겼다가, 1956년부터 현위치에 정착하였다. 설립 당시의 학제는 전문학교나 대학졸업생을 입학자격으로 하는 본과, 중학졸업생을 입학시키는 2년제 예과와 3년제 속성과정을 두었다.
1945년부터는 2년제 예과를 4년제로 연장, 교육하다가 1971년 고려신학대학으로 인가를 받았으며, 그 뒤 1981년 의학과가 증설되면서 교명이 고신대학으로 개칭되었고, 1988년 11월에 대학원에 박사학위과정을 신설하였다. 1993년 고신대학을 고신대학교로 교명을 변경하였다. 1998년 8월에는 신학대학원 천안 캠퍼스를 준공하였으며, 동년 10월에는 광고홍보학과와 산업디자인학과를 신설하였다. 2002년 10월 중국어과를 신설하였고, 2006년 5월에는 컴퓨터영상선교학과, 인터넷비즈니스학과, 피부미용전공을 신설하였다. 동년 11월에는 기독교상담복지대학원, 교회음악대학원을 신설하였으며, 2007년 7월에는 특수선교학부와 스포츠선교학 전공을 신설하였다. 2008년 5월에는 화학신소재학부와 의약화학 전공을 신설하였다. 동년 8월에는 Tesol교육원을 신설하였다.
2014년 현재 6개 단과대학(신학대학·인문사회복지대학·자연과학대학·의과대학·간호대학·예술대학), 5개 학부(국제문화선교학부·국제어학부·생명과학화학부·보건환경학부·시각디자인학부), 14개 학과로 구성되어 있다. 대학원은 일반대학원, 신학대학원, 교육대학원, 선교목회대학원, 기독상담대학원, 교회음악대학원이 있다. 학교법인 대한예수교장로회 총회고려학원이 운영의 모체가 되어 유지·경영하고 있다.
부설 기관으로는 정보통신센터, 문헌정보관, 평생교육원, 여자신학원, 종합인력개발원, 중앙기기센터, 생활관, 보건진료소, 개혁주의 학술원, 국제언어교육원 등이 있다.
고신대학교는 1946년 일제 신사참배 강요에 굴하지 아니하고 투옥되었던 한상동, 주남선 목사에 의해 설립된 기독교종합대학교이다. ‘하나님 앞에서’(CORAM DEO)라는 건학 이념 아래 1. 개혁주의 신앙의 정통과 생활의 순결 겸비 2. 넓고 깊은 학문 연구와 기술 습득 3. 하나님의 나라와 인류사회를 위한 봉사라는 교육이념을 통해 인간 삶의 모든 영역에서 세계를 가슴에 품고 사랑과 섬김과 공의와 평강의 핵심 가치를 창의적으로 실천할 줄 아는 지도자를 양성하는 대학이다.