전신은 광주상업고등학교이다. 1921년 4월 1일 최선진(崔善鎭)이 광주사립호남보통학교로 설립하였다. 최선진은 민족항일기에 교육을 통하여 민족의식을 고취시키고 국력을 배양하고자 서른의 나이에 학교를 세웠다. 광복 후 1945년 11월에 광주사립호남보통학교와 광주상업실수학교를 모체로 하여 실업계로 개편, 6년제 광주상업중학교로 재개교하였다. 1947년 1월 학교법인 유은학원(惟隱學院)이 설립되었다. 1951년 9월에 광주상업고등학교로 개편되었으며, 1979년에 근로청소년을 위한 특별학급 4학급을 설치하였다. 1993년 3월 현재의 위치로 교사를 신축 이전하였다. 2001년 3월 학칙 변경으로 광주동성고등학교가 되었다. 2001년 5월 건학 이념비를 건립하였다.
교육목표는 ‘애국애족하는 사람, 면학 탐구하는 사람, 인격을 도야하는 사람, 창의력을 발휘하는 사람, 미래를 개척하는 사람’으로, 그 목표 달성을 위하여 교실환경 개선과 실험실습을 통한 과학교육의 내실화, 세계화에 대비한 영어교육의 생활화, 지식정보화 사회에 대비한 인터넷 정보를 활용한 창의적인 교수학습법 계발, 그리고 인성 교육과 체력강화를 교육방침으로 추진하여 명실공히 호남의 명문 사립 인문고등학교로 새 출발을 하고 있다.
학교행사로는 개교 이래 매년 ‘경호의 메아리’라는 축제를 개최하여 시화전·미술전·문학의 밤 등 학생들의 문학적인 행사와 각종 써클활동 및 체육대회를 개최하고 있다. 학생활동으로는 세계 주산 경기대회에서 5연패를 달성하였고, 1961년 1월에 주산부가 일본과 대만에서 개최된 국제주산대회에서 5전 전승을 거둔 바 있다. 특히 야구에서는 1988년 대통령배 쟁탈 고교 야구 우승을 비롯하여, 각종 대회에서 좋은 성적을 내어 야구명문교로서의 이름을 높이고 있다. 2010년 2월 현재 59회 졸업으로 총 3만 7,745명의 졸업생을 배출하였다.