이 법은 국세에 관한 법률관계를 확실히 하고 과세의 공정을 도모하며 국민의 납세의무의 원활한 이행에 기여하기 위하여 1974년 12월 21일 법률 제2679호로 제정한 후 수차의 개정을 거쳐 현재에 이르고 있다.
<국세기본법>은 8장 86조와 부칙으로 구성되어 있으며 제1장 ‘총칙’에서 특별한 경우 이외에는 세법에 우선하여 이 법을 적용하도록 세법과의 관계를 규정하고, 기간의 계산은 특별한 경우 이외에는 <민법>의 규정에 의하도록 하였다.
제2장 ‘국세부과와 세법적용’에서 실질귀속자와 실질내용에 따라 과세하는 실질과세원칙과 세법의 해석·적용은 합목적성에 비추어 과세하며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급해 과세하지 못하도록 세법해석의 기준 및 소급과세금지규정을 두고 있다.
제3장 ‘납세의무’에서는 국세를 납부할 의무가 성립되는 납세의무의 성립시기와 납세의무의 확정시기 등을 규정하고, 법인의 합병과 상속으로 인한 납세의무의 승계, 공유물·공동사업에 관한 연대납세의무, 납세의무의 소멸사유와 국세의 부과권에 대한 제척기간 및 징수권에 대한 소멸시효를 규정하고 있다.
제4장 ‘국세와 일반채권과의 관계’에서 국세·가산금 또는 체납처분비는 다른 공과금과 기타채권에 우선하여 징수할 수 있도록 규정하고, 다만 근로자의 임금채권과 주택임대차 관계의 소액보증금은 예외로 하도록 규정하였다.
법인의 재산으로 법인세를 충당하고 부족할 경우, 과점주주·청산인·잔여재산분배인수자 등에 대한 제2차 납세의무와 사업양수인의 제2차 납세의무를 규정하고 있다.
제5장 ‘과세’에서 과세표준신고에 누락, 오류가 있을 때는 수정신고 납부할 수 있는 과세표준수정신고와 추가자진납부 규정을 두고, 제6장 ‘국세환급금과 국세환급가산금’에서 오납액, 초과납부액, 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하고 이를 다른 국세 등에 충당하거나 환급할 수 있게 하며, 환급금에 가산할 국세환급가산금을 정하고 있다.
제7장 ‘심사와 심판’에서 이 법이나 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나, 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익의 침해를 당한 사람은 불복청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 받을 수 있도록 하였다.
불복청구의 방법은 이의신청·심사청구·심판청구가 있다. 청구인은 불복사항이 있으면 처분청에 이의신청을 하거나 국세청장에게 심사청구를 하고 심사결정에 불복하면 국세심판소장에게 심판청구를 할 수 있다.
불복청구에 대한 결정은 취소·경정·기각·각하(원고나 소송 따위를 받지 않고 물리침), 또는 필요한 처분으로 하고 이 결정은 관계 행정청을 기속하고, 행정청은 결정취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하도록 규정하였다. 1998년 12월 28일 법률 제5579호로 국세기본법이 개정되었다.
이는 제2차 납세의무를 지는 과점주주의 범위를 축소하고 국세불복절차상의 청구기간을 연장하여 국민의 재산권을 보호하며, 회사분할 및 분할합병제도의 도입에 따라 분할 관련 회사 간의 국세납부의무를 명확히 함으로써 원활한 회사분할을 도모하는 등 현행제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선·보완하기 위한 것이다.
그 주요 골자는 다음과 같다. 첫째, 공시송달기간을 10일에서 14일로 늘림(법 제11조 제1항). 둘째, 법인이 분할 또는 분할합병되는 경우, 분할되는 법인에게 부과되거나 납세의무가 성립된 국세 등은 분할되는 법인과 분할 또는 분할합병으로 인하여 설립·존속하는 법인이 연대하여 납부할 책임을 지도록 함(법 제25조 제2항 및 제3항).
셋째, 제2차 납세의무를 지는 과점주주의 범위를 단순히 주식 또는 출자지분을 가장 많이 소유한 자로 하던 것을, 당해 법인에 대하여 100분의 51이상의 주식 또는 출자지분에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자로 축소하고, 제2차 납세의무에 의한 책임은 법인의 납부부족액에 과점주주가 소유하고 있는 주식 또는 출자지분의 비율을 적용해 산출한 금액을 한도로 하도록 함(법 제39조 제1항).
넷째, 조세불복청구기간을 60일에서 90일로 연장하여 행정심판법 및 행정소송법상의 청구기간과 균형을 맞춤(법 제55조·제56조·제60조·제61조 및 제68호). 다섯째, 국제심판소장의 자격요건을 국세·법률·회계 분야에 관하여 전문지식과 경험을 갖춘 자로 함(법 제67조 제5항).