1966년 2월 28일에 설치된 후 34회의 직제개편을 거쳐 1997년 8월 현재 8국 22과와 세무공무원교육원과 기술연구소를 두고 있으며, 청장은 차관급의 정무직이고, 1급의 차장 1명을 두고 있다.
국세청장 소속하에 7개 지방국세청(서울·인천·중부·부산·대구·대전·광주)이 있고, 지방국세청장 소속하에 세무서(115개) 및 지서(4개)가 있다. 본청 조직으로 총무과와 징세심사국·직세국·간세국·국제조세국·조사국이 있고, 청장 밑에 공보담당관, 차장 밑에 기획관리관·자료관리관·감사관 각 1명이 있다.