본관은 안동(安東). 자는 자징(子徵), 호는 애헌(艾軒). 고려의 명장 김방경(金方慶)의 후손으로, 할아버지는 김석(金錫)이고, 아버지는 원주목사 김제갑(金悌甲)이며, 어머니는 윤개(尹漑)의 딸이다.
1588년(선조 21) 소과에 합격하여 생원이 주1, 같은 해 식년 문과에 장원으로 주2
검열(檢閱) · 이조좌랑 · 정언(正言)을 거쳐 1595년 사간 · 전한(典翰) · 시강관(侍講官) · 사인(舍人)이 되고, 이듬해 집의(執義) · 사간 등을 거쳐, 1597년 동부승지 · 우부승지 · 충청도관찰사 · 대사성 등을 역임하였다. 이 때 소모관(召募官)으로 충청도에 파견되었다.
이어 병조참의 · 우승지 · 좌승지를 거쳐 복수사(復讐使)의 종사관(從事官)으로 신립(申砬)이 전사한 탄금대(彈琴臺)를 돌아보고 임진왜란 뒤 민심을 수습하는 데 힘썼다. 1603년 동지사행(冬至使行)에 부사로 명나라에 다녀왔으며, 이듬해 순천군수를 거쳐 병조참의 · 좌승지 등을 역임하였다.
1607년 양양부사로 나갔다가 병조참판에 올랐다. 선조가 죽자 동지춘추관사(同知春秋館事)로 『선조실록(宣祖實錄)』 편찬에 주3. 1611년 예조참판을 거쳐 도승지가 되었다. 어려서 등과하였으며, 역학(易學)에 밝아 일대(一代)의 명류(名流)로 이름이 있었다. 임진왜란 때 그의 아버지 김제갑이 적에게 죽음을 당하자 호남 · 영남지방의 복수별장(復讐別將)이 되어 주4