본관은 안동(安東). 자는 자징(子徵), 호는 애헌(艾軒). 고려의 명장 김방경(金方慶)의 후손으로, 할아버지는 김석(金錫)이고, 아버지는 원주목사 김제갑(金悌甲)이며, 어머니는 윤개(尹漑)의 딸이다.
1588년(선조 21) 소과에 합격하여 생원이 되고, 같은 해 식년 문과에 장원으로 급제하였다.
검열(檢閱)·이조좌랑·정언(正言)을 거쳐 1595년 사간·전한(典翰)·시강관(侍講官)·사인(舍人)이 되고, 이듬해 집의(執義)·사간 등을 거쳐, 1597년 동부승지·우부승지·충청도관찰사·대사성 등을 역임하였다. 이 때 소모관(召募官)으로 충청도에 파견되었다.
이어 병조참의·우승지·좌승지를 거쳐 복수사(復讐使)의 종사관(從事官)으로 신립(申砬)이 전사한 탄금대(彈琴臺)를 돌아보고 임진왜란 뒤 민심을 수습하는 데 힘썼다. 1603년 동지사행(冬至使行)에 부사로 명나라에 다녀왔으며, 이듬해 순천군수를 거쳐 병조참의·좌승지 등을 역임하였다.
1607년 양양부사로 나갔다가 병조참판에 올랐다. 선조가 죽자 동지춘추관사(同知春秋館事)로 『선조실록(宣祖實錄)』 편찬에 참여하였다. 1611년 예조참판을 거쳐 도승지가 되었다. 어려서 등과하였으며, 역학(易學)에 밝아 일대(一代)의 명류(名流)로 이름이 있었다. 임진왜란 때 그의 아버지 김제갑이 적에게 죽음을 당하자 호남·영남지방의 복수별장(復讐別將)이 되어 나갔다.