1907년 5월 20일 공립 나주보통학교로 설립되었다. 설립 당시는 나주군청 소유 성내도청(城內都廳) 건물을 가교사로 빌려 22명의 신입생으로 출발하였으며, 초대 교장은 나주군수가 겸임하였다. 교원은 이호건(李鎬建)과 일본인 1명이 담당하였고, 1907년 10월 시립 금성학교(錦城學校)의 학생을 흡수하여, 1911년 제1회 졸업생 31명을 배출하였다.
1911년 11월 나주공립보통학교로 개칭되었고 1921년 수업연한이 6년으로 연장되었으며, 이듬해 8월 2년제 야간학교(부설 금성학교)가 부설되어 농촌 청소년들에게 원예, 과수재배와 각종 영농기술 등 실업교육을 실시하였다. 1926년 10월 2년제 2학급의 실업보습학교가 설치되었고, 1937년 4월 부설 금성학교가 폐교되고 2년제 부설 간이학교가 인가되었다.
1938년 4월 나주대정공립심상소학교(羅州大正公立尋常小學校)로 개칭되고 6학년 졸업생을 수용하는 수업연한 2년의 보습과가 설치되었으며, 1941년 4월 나주대정공립국민학교로 개칭되고 종래의 보습과를 고등과로 개칭하였다. 1945년 10월 나주공립국민학교로 재개교하여 1947년 나주국민학교로 개칭되었다.
1974년부터 정신박약아를 위한 특수학급 1학급을 설치, 운영하고 있으며, 1984년부터는 유치원 2학급이 병설 운영되고 있다. 1996년 3월에는 나주초등학교로 교명을 변경하였으며,
1999년 9월 나주남초등학교 분교장 격하로 나주초등학교로 편입되었다. 2008년 3월 나주초등학교이화분교장 통폐합하였다.
2010년 현재 47학급 1,381명의 재학생과 86명의 교원이 재직하고 있다. 99회 졸업으로 총 2만 737명의 졸업생을 배출하였다.
‘몸과 마음이 튼튼한 어린이’를 양성하기 위해, ‘이웃과 고장을 사랑하는 어린이, 말과 행동을 한결같이 하는 어린이, 탐구력과 창의력을 가꾸는 어린이, 능력과 적성과 흥미를 갈고 닦는 어린이, 자생력과 진취성을 갖추는 어린이’로 교육목표를 정하고 있다. 교육부지정 연구학교, 도지정 연구학교, 도지정 시범학교, 시지정 연구학교 등을 실시하였다.
매년 과학주간행사와 학예발표회 및 운동회가 전통적인 행사로 실시되며, 개교 75주년인 1982년부터 종합문예지 『은행동산』을 창간하였으며, 1997년에는 개교90주년을 맞아 『나주90주년기념지』를 간행하였다.