1946년 11월에 부산시 동구 수정동에서 개교하였다. 1947년 8월에 정재환(鄭在煥)을 중심으로 한 동아대학 설립기성회에 의하여 재단법인 동아학숙이 발족되어, 12월에 동아대학으로 정식 인가되었다.
홍익인간의 기본이념에 바탕을 둔 유능한 지도적 인재 양성을 건학이념으로 하고 ‘자유 · 진리 · 정의’를 교시로 정하여, 법률학과의 법학부와 정경학과, 문학과, 수학과, 물리학과의 문리학부로 2학부 5학과를 설치하였다. 초대 학장에 정기원(鄭基元)이 취임하였으며, 1949년 4월에 범일동으로 교사를 이전하고 같은 해 7월에 제1회 졸업생을 배출하였다.
1954년에 농학부, 1955년에 공학부, 1956년에 2부대학이 신설되었으며, 1958년 9월에 석사과정의 대학원이 설치되었다. 1959년에 종합대학으로 승격되면서 초대총장에는 정재환이 취임하였으며, 종전의 학부제를 단과대학으로 편성하였다.
1962년에는 병설실업초급대학을 설치하고, 이듬해에 대학원에 박사과정을 개설하였다. 1963년 12월에 재단법인 동아학숙을 학교법인 동아대학교로, 1966년에 다시 학교법인 동아학숙으로 변경하였다. 1969년에 경영대학원과 1973년에 교육대학원을 증설하고, 1978년에 병설실업초급대학은 졸업생 2,748명을 배출한 뒤 폐교되었다.
1979년 4월 종래의 서구 동대신동에서 공과대학을 사하구 하단동의 신축 제2캠퍼스로 이전하고, 법경대학을 정법대학과 상경대학으로, 문리과대학을 문과대학과 이과대학으로 분리, 개편하였다. 이듬해에 정법대학을 법정대학으로 개칭하고 전일제 수업 실시에 따라 2부대학을 폐지함과 동시에 야간강좌 개설학과로 개편하였다.
1981년 8월에 제2캠퍼스에 이과대학과 농과대학을 이전하였으며, 1982년에 체육대학과 1983년에 예술대학을 설치하였다. 1984년 법정대학과 상경대학을 법과대학, 사회과학대학, 경영대학으로 개편하고, 이듬해에 대학본부와 문과대학을 승학캠퍼스로 이전하였다.
1986년에 의과대학을 신설하고 이과대학을 자연과학대학으로 변경하고, 1987년에 문과대학을 인문과학대학으로 변경하였으며, 1988년에 산업대학원 설치를 인가받았다. 1990년 3월에 동아대학교 병원을 개원하였으며, 1995년 1월에 동아대학교 병원이 동아의료원으로 승격하였다. 2001년 3월 경찰전문인력 양성을 위한 경찰법무대학원을 교육부로부터 설치인가 받아 개설하였다. 2002년 2월 동아의료원을 동아대학교 의료원으로 명칭 변경하였으며, 동년 6월 승학캠퍼스 내 한림생활관 준공하였다. 2008년 2월 법학전문대학원 설치 예비인가대학으로 선정되었다.
2008년 3월 현재 2만 3000명의 재학생과 교수 544명이 재직 중이며 지금까지 졸업생 13만 6819명을 배출하였다.
인문과학대학 · 자연과학대학 · 생활과학대학 · 법과대학 · 사회과학대학 · 경영대학 · 생명자원과학대학 · 공과대학 · 스포츠과학대학 · 예술대학 · 의과대학 · 건축디자인패션대학의 12개 단과대학에 석당인재학부 · 국제학부의 2개 학부로 구성되어 있다.
대학원은 일반대학원 · 경영대학원 · 교육대학원 · 동북아국제대학원 · 의학전문대학원 · 법학전문대학원 · 산업정보대학원 · 사회복지대학원이 있으며 2,000여 명이 재학하고 있다.
부속기관으로는 도서관 · 박물관 · 한림생활관 · 다우미디어센터 · 출판부 · 보건진료소 · 평생교육원 · 교수학습개발센터 · 종합농장 · 석당학술원 등이 있으며, 부설연구소는 동아시아연구원 · 의과학연구원 · 환경문제연구소 · 경영문제연구소 · 법학연구소 · 독일학연구소 · 농업생명과학연구소 등이 있다.
1959년 11월에 개관한 박물관은 1962년 국보로 지정된 개국원종공신녹권을 비롯하여 보물 10점, 지방유형문화재(현, 시도지정 유형문화유산) 1점 등 총 2만 4706점의 문화재를 소장하고 있어 국내 3대 대학박물관의 하나로 꼽히고 있다.