민병호(閔竝浩) 등이 중심이 되어 동화약방(同和藥房)을 개설하여 ‘활명수(活命水)’ 등의 의약품을 만들어 판매하였다. 그 뒤 1931년 주식회사 동화약방으로 법인체를 만들고 1962년 2월 이후 동화약품공업주식회사로 상호를 변경하였으며, 2009년 다시 동화약품주식회사로 상호를 변경하여 현재에 이르고 있다. 창업 초기에는 백응고·활명수·인소환 등 몇 개 제품에 불과하였으나 1929년 무렵에는 80여 종의 약품을 생산하였다.
1937년에는 90여 종의 제품이 생산되었으나 광복과 6·25전쟁을 통하여 위기를 맞아 규모가 급격하게 축소되었다. 그 뒤 사회가 안정됨에 따라 회복되었으며 1972년부터 치료제 의약품을 본격적으로 제조, 판매하게 되었다. 1973년에는 중앙연구소를 발족시켜 자체의 실험과 연구를 통하여 신제품을 개발하고 있다. 1976년 3월 기업을 공개하였으며, 1985년 11월에는 국제의약제조표준설비(K.G.M.P.)공장을 증축하고 연구동도 준공하였다.
1986년 12월 중앙연구소가 병역특례연구기관으로 지정되었으며, 1973년 3월에는 국제의약제조표준설비(K.G.M.P.) 적격업소로 지정되었다. 1988년 8월에는 살충제 포장자동화 시설을 확충하였으며, 1989년 4월에는 서부지점을 설치하였다. 1991년 4월 안양공장을 증축하고 액제 GMP시설을 완료(전제형 KGMP 완료)하였다. 1994년 8월에는 IR52장영실상을 수상(염산암브록솔)하였으며, 1995년 1월에는 락테올비타산을, 1995년 2월에는 마이큐, 5월에는 다이보넥스크림을 개발하였다.
주요 사업은 의약품, 원료의약품, 의약부외품 제조업, 식료품 제조업, 부동산의 임대 및 매매 등이다. 주요 제품과 구성비율은 록소닌 등 63%, 까스활명수큐 20%, 후시딘연고 8% 등이다.
관계회사로는 ㈜동화개발·흥진정공㈜·합동약품공업㈜ 등이 있다.
2015년 현재 총자산은 3171억 원, 자본금은 279억 원, 연간 매출액은 2232억 원이다. 본사는 서울특별시 중구 남대문로5가에 있다.