대구에서 광복 전부터 등사업을 해오던 김상문(金相文)이 1945년 9월 동아프린트사출판부라는 이름으로 경상북도정(慶尙北道定) 『신생국어독본』을 프린트본으로 간행하면서 출발하였다.
1949년까지 『한글맞춤법해설』·『우리국사』, 중학생용 『신생국어독본』 등을 발간했으나, 정상 인쇄로 나오는 서울의 출판물들과는 경쟁이 되지 않아서 1950년 5월서울로 옮겼다.
그러나 그해 6·25전쟁이 일어나서 다시 대구로 피난하고, 1951년 9월 동아출판사로 정식 등록하였다. 1952년 임시수도 부산에서 중학입시용 『국가고사예상문제집』을 발간하여 대성공을 거두고, 이듬해 『동아전과』와 『동아수련장』을 발간하였으나 경쟁업체에 뒤져 빛을 보지 못하다가, 1954년 국내 최초로 교사용 『전과지도서』를 발간하고 참고서 출판계에 부상, 이해 5월 다시 서울로 옮겼다.
1955년 10월 조판·인쇄·제본 등 현대적인 자체 시설을 갖추고, 이듬해 주식회사 동아출판사로 법인을 설립하였으며, 민간업체로서는 최초로 벤톤자모조각기(Benton 字母彫刻機)를 도입하여서 종래의 일본식 활자체를 벗어나려고 노력했다.
1958년에는 8P 몸체에 5.5P 활자를 조작한 자모를 사용하여 국어국문학회편 『새국어사전』과 『세계문학전집』·『새백과사전』·『백만인의 의학』 등 기획물을 간행하고, 1959년에는 남광우(南廣祐)편 『고어사전』을 발간하였다.
1960년에는 오프셋시설을 도입하여 각종 어학사전 등 학습사전을 간행하기 시작했으며, 1964년에는 198종의 도서를 간행하여 출판계의 선두에 섰으나, 계속되는 시설확장 등 무리한 투자로 1968년부터 3년간 채권단에 의하여 위탁경영의 위기를 맞았다.
1971년부터 『완전정복시리즈』 발간으로 회복되기 시작하여 1976년 봄부터 다시 대대적인 시설확장에 돌입, 1978년에는 참고서 시장점유율 70%를 돌파하였다. 1980년 계열회사로 동아인쇄공업주식회사와 대아지공주식회사를 따로 설립하였고, 1982년에는 국내 출판·인쇄업계 최초로 전산사식체계(電算寫植體系)를 도입하였다.
그해부터 『동아원색세계대백과사전』(전30권)을 기획하고 제1권을 간행하였으며, 1983년에는 『1984년 로스앤젤레스 올림픽가이드』 5개 국어판의 발행·인쇄 및 판매권을 정부로부터 따내어 미국에 현지법인 동아서적을 설립하였다.
1984년에는 『동아원색세계대백과사전』을 완간하였으나, 수 년 간의 과다한 건물 및 설비투자와 백과사전 발간에 따른 악성자금 이용에서 비롯된 자금압박으로 은행관리를 초래하여 마침내 두산그룹이 인수, 제일의 종합출판·인쇄업체로 지향하였다.
1976년에는 인쇄물 수출 제1위를 기록하였고 1961년 제1회 한국출판문화상, 1963년 제1회 우량출판사표창, 1983년 출판인쇄업계 최초의 보관문화훈장을 받기도 하였다. 1997년 (주)두산동아(斗山東亞)로 사명을 바꾸고 백과사전을 『두산세계대백과사전』으로 제호를 변경하면서 CD롬에도 수록하여 전자시대의 사전으로서 역할을 다하였다.
2014년 10월에 (주)두산동아가 YES24에 인수되었으며, 같은 해 11월에 동아출판으로 명칭을 바꾸어 YES24의 계열사가 되었다.