1895년 재령에 기독교장로회의 재령읍 교회가 설립되어 장로 송정신을 중심으로 아동들에게 성경을 가르쳤으며, 이를 모태로 1898년에 남녀공학의 명신학교로 정식 인가를 받게 되었다. 1906년에 당시 최광옥(崔光玉)이 조직한 면학회(勉學會) 활동은 명신학교에도 큰 활력소로 작용하여, 같은 해에 장로 김창일이 교회당을 신축하면서 교실을 넓게 확보하였다.
1912년에는 목사 김태로의 노력으로 재령 남산 기슭에 예배당을 신축하여 교실로 사용하였다. 그 뒤 남녀학교가 분리 운영된 것으로 추측된다. 그 이유는 1919년 3 · 1운동 때 명신학교의 남녀학생이 서당 생도들과 합세하여 군중을 지도하며 시위하였는데, 시위 양상이 격렬하여 이에 대한 수습책으로 명신여학교만을 임시 폐교하였다가 다시 개교하였다는 기록에서 알 수 있다.
1921년에는 남산예배당에 보통과 과정을 남겨두고, 임택권(林澤權)이 신축한 서부예배당으로 남녀 고등과를 이전하였다. 이와 함께 학교 이름을 ‘明信學校’에서 ‘明新學校’로 바꾼 것으로 추정되며, 정규 중등학교로는 인가를 받지 못한 채 4년제 고등과로 운영을 계속했다.
그 뒤 1929년 고등과 남자부를 북산 기슭에 신축한 근대적 교육시설로 이전함으로써 실제적인 남녀학교의 분리가 이루어졌다. 그리고 1933년 말부터 산하 교회와 각 분야 유지들로부터 성금 약 1만 원을 모아 새로운 교사(校舍)를 신축하여 1934년 봄에 준공하였다. 이때 학생은 약 4백 명 정도였다.
이에 따라 남자학교는 정찬유(鄭讚裕)의 재산 희사 등으로 1938년 4월에 5년제 정규 중등학교인 명신중학교(明新中學校)로 인가받았으며, 1940년에는 9학급 재학생 477명으로 늘어났다. 여자학교는 1940년에 김응석(金應石) 등의 출자로 새 교사를 마련하여 1941년 정규 중등학교인 4년제 명신고등여학교(明新高等女學校)로 인가받았으며, 1940년에 4학급 재학생 218명이 되었다.