1912년 8월 15일 김진환(金晉桓)이 서울에서 창설하였으며, 오늘날까지 4대에 걸쳐 대표의 자리가 이어지고 있다.
창업 당시의 상호는 ‘보진재석판인쇄소(寶晉齋石版印刷所)’로서 석판과 동판으로 미술인쇄를 전문으로 했다. 소재지는 지금의 서울 광화문우체국 동쪽으로 당시의 서린방(瑞麟坊) 8동 5호였다.
‘보진재’라는 명칭은 중국 북송의 서화가였던 미불(米芾)의 서재 이름으로서 창업주가 평소 각별히 미불의 서화를 좋아하여 인쇄소의 이름으로 사용하였다 한다. 창업 당시의 규모는 수동석판인쇄기 3대와 종업원 6명이었다.
창업 초기에는 석판으로 인쇄하는 도서를 비롯하여 안중식(安中植) · 조석진(趙錫晉) · 김돈희(金敦熙) · 오세창(吳世昌) · 김규진(金圭鎭) 등 유명한 서화가의 작품을 복제하거나 사립학교 교무서류 등을 인쇄하였다.
1910년대 후기에는 ≪언문서첩 諺文書帖≫ · ≪간식서법 柬式書法≫ · ≪고등습자첩 高等習字帖≫ 등 한글과 한자교습용의 글씨본과 금석문의 탁본 및 조선시대 명사들의 필적을 석판인쇄하였고, 고금 서예가의 글씨본인 ≪고금법첩 古今法帖≫과 조선 역대 왕들의 글씨를 모은 ≪열성어필첩 列聖御筆帖≫을 인쇄하여 전통문화의 계승 · 발전에 기여하였다.
또 1910년대 후기부터 1940년대 초기까지 ≪조광 朝光≫ · ≪춘추 春秋≫ · ≪문장 文章≫ · ≪삼천리 三千里≫ · ≪학풍 學風≫ 등 10여 종의 잡지 표지와 그 잡지의 색도물을 인쇄하였다.
1925년 7월에는 우리 나라에서는 처음으로 석판인쇄기로 기독교의 ≪유년찬송가≫를 인쇄하였는데, 그 뒤 오늘날까지 국내외 50여 개 국의 기독교 성서와 찬송가를 인쇄하고 있다.
1932년부터 수년간은 병풍 또는 부벽용(付壁用:벽에 붙이는 글씨나 그림) 및 벽장문용 각종 도배지를 개발, 인쇄하기도 했으며, 1930년대 후기에는 8도쇄의 <세계대지도>(조선일보사와 동아일보사 부록용)를 인쇄하여 당시 일본의 인쇄기술을 앞서기도 하였다.
1952년부터 창업주의 손자인 김준기(金駿基)는 제3대 대표를 맡아 서울특별시 영등포구 당산동 공장에서 평판 고급인쇄전문을 비롯하여 활판인쇄와 오프셋인쇄 · 제본까지 겸하면서 지난 40년간 종합인쇄회사로 발전시켜 왔다. 1992년 3월에는 창업주의 증손인 김정선(金正善)이 대표를 맡아 경영하고 있다.
1960년부터는 출판사업에도 손대기 시작하여 자매회사인 보진재출판사로 등록하여 이끌어가고 있다. 본사는 서울특별시 영등포구 당산동에 있었으나, 2002년 파주시 직지길 파주출판단지로 이전하였다. 2019년 12월 경영악화로 폐업하였다.