1991년 3월 가톨릭정신에 입각한 민주적 교육이념과 국가와 인류사회 발전에 필요한 전문적인 학술의 이론과 그 응용방법을 교수, 연구하며, 교회전례와 봉사에 필요한 실천적 지식을 연마하기 위하여 개교하였다.
1993년 3월 간호학과를 신설하였으며, 1995년 3월 대학원을 설립하였다. 1999년 지산대학을 통합하고 부산가톨릭대학교로 교명을 변경하였으며, 2000년 3월에 4년제 종합대학으로 새롭게 출범하였다.
2013년 현재 5개 단과대학(신학대·간호대·보건과학대·응용과학대·사회과학대), 1개 학부(인성교양부), 19개 학과로 구성되어 있다. 부속기관으로 중앙도서관·정보전산원·교수학습개발센터·사회봉사센터·창업보육센터·종합인력개발원·종합봉사실·예비군대대·학생생활상담실·의무실·신문사·방송국·출판부·학생생활관 등이 있으며, 부설연구소로 간호과학연구소·병원컨설팅연구소·경영사회복지연구소·인문학연구소·보건과학연구소·응용과학연구소 등이 있다.