여근곡(女根谷)은 선덕여왕의 지기삼사(知幾三事)에 관한 전설 중의 하나에서 유래하는 지명이다. 636년(선덕여왕 5) 여름에 영묘사(靈廟寺) 앞 큰 연못인 옥문지(玉門池)에 난데없이 두꺼비들이 모여들어 싸우는 일이 생겼다.
모두 궁금히 여기는 가운데 선덕여왕이 해석하기를 두꺼비의 눈이 성난 것같이 생겼으므로 병란이 날 조짐이라 하고 알천(閼川)과 필탄(弼呑) 두 장군을 불러 2,000명의 군사를 주어 경주 서쪽에 있는 여근곡에 가서 백제의 복병을 치게 하였다.
두 장군이 여근곡에 이르니 백제의 장군 우소(于召)가 거느린 500여명의 복병이 있어 쉽게 물리쳤다. 이것은 옥문(玉門)을 여근(女根)으로 해석하여 여근은 음(陰)이므로 남근(男根)이 여근 속으로 들어가면 토사(吐死)한다는 음양설을 인용하여 해석한 것이다.
여근곡의 위치는 자인(玆仁)에서 경주로 가는 길목에 있었을 것으로 추측된다. 이곳에는 마곡산(馬谷山) 밑의 회곡치(回谷峙)가 있었던 곳으로 지형의 생김새로 보아 여근곡이었을 것으로 본다.