필수적 기관이 아닌 임의적 기관이다. 부총리는 2인을 두되 국무위원으로 보하며, 기획재정부장관·교육부장관이 각각 겸임한다. 국무회의의 의장·부의장 모두 유고 시에 의장의 직무를 대행하며 국무총리 유고시에 그 직무를 대행한다.
부총리제도는 1963년 12월에 신설되었는데 제도신설과 동시에 경제기획원장관이 겸임하도록 한 것은 경제기획원장관을 국무총리의 차순위(次順位)에 위치하게 함으로써 경제개발정책에 관하여는 경제기획원장관이 총책임자로서 강력히 추진해 나갈 수 있도록 지위와 권한을 부여한 것이라 하겠다. 그 뒤 1990년 국토통일원을 통일원으로 개칭하고 통일원장관을 부총리급으로 상향조정하였다가 1998년 2월에 폐지되었다.
1994년 12월 재무부와 경제기획원을 통합하여 재정경제원으로 개편할 때에도 장관이 부총리를 겸임하여 오다가 1998년 2월 작은 정부 구현으로 재정경제원을 재정경제부로 격하하여 부총리제도를 모두 폐지하였다가 다시 재정경제부장관이 부총리를 겸임하도록 하였다.
그 뒤 2001년 2월「정부조직법」을 개정하여 교육부를 교육인적자원부로 하여 장관을 부총리급으로 상향조정하여 재정경제부장관·교육인적자원부장관이 부총리를 각각 겸임하였다.
부총리제도는 이명박정부에 들어와 한때 폐지되었다가 박근혜정부 출범 이후 2013년 3월 정부조직법을 새롭게 개정하면서 다시 부활하였다. 현재 기획재정부 장관과 교육부 장관이 부총리를 겸임하고 있다.