1943년 3월 서산공립농림학교로 설립되었다. 수업연한 4년에 농업과 1학급 60명의 학생으로 출발하였으며, 교과목은 공민·국어·역사·수학·영어·과학·작물·원예·양잠·축산·임업·농업경제·농산가공 등을 과하였다.
1946년 9월 6년제 서산농림중학교로 개편되어 임업과 1학급씩을 증설하였으며, 1949년 6월 제1회 졸업생 29명을 배출하였다. 학제개편에 따라 1951년 9월 3년제 서산농림고등학교로 개편되어 농업과 2학급과 임업과 1학급으로 편성하였다.
1954년 축산과, 1959년 농업토목과, 1966년 잠업과, 1972년 농촌지도과, 1975년 농업가정과, 1979년 농업기계과, 1982년 원예과를 증설하였으며, 1994년 3월 교명이 서산농림고등학교에서 서산농·공업고등학교로 변경되었다.
2001년 9월 학칙이 변경되어 농업과·축산과·농업토목과를 폐과하고 산업조경과·생활원예과·산업기계과·컴퓨터제어기계과로 개편하였다. 2007년 8월 서산중앙고등학교로 교명을 변경하였으며, 보통과·레저원예조경과·생물산업기계과·관광조리경영과로 개편하였다.
2010년 현재 1학년 보통반 8학급과 2, 3학년 각 레저원예조경과 2학급, 관광조리경영과 2학급, 생물산업기계과 2학급, 인문반 2학급 및 특수학급 2학급 총 26학급이 개설되어 750명이 재학 중이다. 또한 교원 52명과 일반 행정직 18명 총 70명의 교직원이 재직 중이다.
교육목표는 ‘지식기반 경제사회를 이끌어 갈 도덕적이고 유능한 창조인’으로 ‘온전하고 경쟁력있는 전문기술인 육성’을 위해 노력하고 있다. 또한 사이버청정학교를 운영하여 ‘퀴즈대회, 청정선플달기 대회, 정보통신윤리 UCC대회 등’의 다양한 사업을 하고 있으며, 동아리활동으로는 ‘유도부, 관악부, 풍물부 등’이 있다.