소년원은 「보호소년등의처우에관한법률」 및 「소년법」에 그 설립근거를 가지고 있으며, 이에 따라 소년원의 기능에 따른 분류와 운영을 하고 있다. 이에 「초·중등교육법」에 따른 초·중등교육이 필요한 소년을 수용·교육하는 소년원, 「근로자직업능력개발법」에 따른 직업능력 개발훈련이 필요한 소년을 수용·교육하는 소년원, 약물 오·남용, 정신·지적발달 장애, 신체질환 등으로 집중치료나 특수교육이 필요한 소년을 수용·교육하는 소년원, 정서순화, 품행교정 등 인성교육이 집중적으로 필요한 소년을 수용·교육하는 소년원으로 나누고 있다.
소년원과 소년교도소의 차이점으로는 소년교도소는 19세 미만의 소년수형자를 수용하여 형의 집행과 교정처우를 행하는 시설임에 반하여, 소년원은 「보호소년등의처우에관한법률」상의 보호처분의 하나로서 소년원 송치처분을 받은 자를 수용하는 시설이라는 점에서 구별된다. 즉, 전자는 「형의집행및수용자처우에관한법률」의 적용을 받는 행형시설임에 반하여, 후자는 「보호소년등의처우에관한법률」의 적용을 받는 교육기관이다.
우리나라의 소년원은 1942년 「조선소년령」, 「조선교정원령」 및 「교정원관제」를 공포하여 서울에 ‘경성교정원’을 개설한 것이 최초이다. 그 후 1945년에는 교정원이 소년원으로 개칭되었고, 1958년「신소년원법」이 제정된 이래로 1988년부터는 「소년원법」으로 전면 개정하여 시행하다가, 2007년 12월에는 「보호소년등의처우에관한법률」로 개정되어 시행하고 있다.
현재 소년원은 ‘학교’라는 명칭으로 사용되고 있는데, 예컨대 서울소년원은 고봉중·고등학교, 부산소년원은 오륜정보산업학교 등이 그것이다. 대상자는 소년부 판사로부터 소년원 송치, 단기소년원 송치, 장기 소년원 송치 처분을 받은 소년들을 대상으로 하고 있다.
또한 남자와 여자, 보호소년과 위탁소년, 16세미만인 자와 16세 이상인 자를 분리하여 수용한다. 여기에 수용된 보호소년은 22세가 되면 퇴원시킨다. 이러한 시설은 전국적으로 대도시를 중심으로 10개가 있고, 이들 학교는 원장을 중심으로 서무과, 교무과, 분류보호과, 의무과와 각종 위원회가 설치되어 운영되고 있다.
이와 같은 소년원제도가 소년을 가급적 형사사법의 낙인을 찍지 않고 개선·보호하여 사회로 복귀시키자는 데 그 목적이 있다. 그러나 보호처분 절차가 때로는 형사처분보다도 불리하게 작용하는 결과를 가져올 수도 있는 점과 그 자체의 효용성 문제 등도 해결해야 할 과제라고 볼 것이다.