입소 대상은 소년부 판사로부터 보호처분이 필요하다고 결정된 소년으로서, 「소년법」 제32조 보호처분의 결정 중 7항 의료재활소년원 위탁, 8항 1개월 이내의 소년원 송치, 9항 단기 소년원 송치, 10항 장기 소년원 송치 처분을 받은 소년이다. 소년원은 보호소년의 처우상 필요하다고 한다면 학교와 의료재활소년원으로 운영될 수 있다고 규정하고 있다.
2024년 「초중등교육법」에 따른 초중등교육이 필요한 소년을 수용 · 교육하는 초중등교육소년원 3개소, 「국민 평생 직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련이 필요한 소년을 수용 · 교육하는 직업능력개발훈련소년원 6개소, 약물 오남용, 정신 · 지적 발달장애, 신체질환 등으로 집중치료나 특수교육이 필요한 소년을 수용 · 교육하는 의료재활소년원 1개소 등 총 10개의 소년원이 운영되고 있다.
소년원은 1942년 「조선소년령」과 「조선교정원령」 및 「교정원과제」가 공포되어 서울에 ‘경성교정원’을 개설한 것이 최초이다. 그 후 1945년 해방 이후 미군정의 고문관인 라이만에 의해 소년원으로의 명칭이 변경되었으며, 대구소년원 · 부산소년원 · 광주소년원이 신설되었다. 1958년 「소년원법」이 제정되어 시행되다가, 소년 사법 체계 개선을 위한 「소년법」의 지속적인 개정과 함께 「보호소년 등의 처우에 관한 법률」이 제정되어 시행되고 있다.
소년원은 소년교도소의 사법적 기능보다는 교육적 기능을 중시하여, 비행에 대한 책임을 추궁하는 것이 아니라 국가가 소년들의 보호자가 되어 상담 및 생활지도와 함께 인성교육, 교과교육, 직업능력개발훈련, 의료 · 재활교육 등을 실시함으로써 이들의 왜곡된 성격과 행동을 교정하고 건전한 청소년으로서의 인격 도야를 목표로 한다는 점에서 그 의의가 있다. 그러나 보호처분 절차가 형사처분보다 더 불리하게 작용하는 결과는 가져올 수도 있는 점과 그 자체의 효용성 문제 등도 해결해야 할 과제라고 볼 수 있다.