본관은 밀양(密陽). 부제학 손비장(孫比長)의 종손이다. 이항(李恒)의 문인이다.
일찍이 관직에 나아가지 않았으나, 1592년(선조 25) 임진왜란이 일어나자, 경기전참봉(慶基殿參奉) 오희길(吳希吉)과 함께 국왕의 어영(御影)과 역대의 전주사고(全州史庫) 소장 실록을 정읍 내장산 용굴암(龍窟庵)에 옮겨 잘 보관하였다.
임진왜란 중 춘추관·성주·충주사고의 실록이 모두 불탔지만, 전주사고의 실록이 보존될 수 있었던 것은 손홍록의 노력에 의한 것이었다. 뒤에 의주 행궁(行宮)으로 왕을 찾아가 중흥6책(中興六策)의 시무책(時務策)을 건의하여 왕의 포상을 받고, 별제(別提)에 임명되었다. 정읍시 칠보면 시산리 남천사(藍川祠)에 제향되었다.