1945년 3월 31일 영농후계자 양성을 목적으로 여주공립농업학교로 설립되었다. 수업연한 4년에 초대 교장에 박영묵(朴榮默)이 취임하였다. 1947년 10월 6년제 여주공립농업중학교로 개편하였고, 1951년 8월 3년제 여주농업고등학교로 개편하면서 각 학년에 농업과 2학급을 설치하였다.
1966년 12월경기도 여주군 여주읍 하리 현재의 위치에 교사를 신축하여 이전하고, 1973년 10월 제1차 국제개발협회(IDA) 차관교로 지정되었으며, 이듬해 4월에 3만 3,058㎡(1만평) 협업농장을 개장하였다. 1984년 3월 특수목적고등학교로 지정되면서 여주자영농업고등학교로 교명을 변경하였고, 1996년 여주농업경영전문학교를 부설하였다.
2010년 현재 4개 과(스마트팜과·동물자원과·식품과학과·산림조경과)에 총 443명의 학생이 재학하고 있다. 교직원은 126명이 재직하고 있으며, 59회 졸업식을 거치면서 총 7,865명의 졸업생을 배출하였다.
교훈은 ‘근면 성실한 영농인이 되자’이다. 농산업 전문인력 양성을 위해 전교생이 영농연수관에서 생활하는 전일제 영농교육을 시행하고 있다. 또한 자생식물원, 과제 실습장, 벼 재배 실습장, 낙농목장, 분재 재배 실습장, 장미원, 우리농작물 전시포 등 실습농장을 이용한 기업영농 교육을 하고 있다. 개교 이래 매년 추수감사제와 여농제를 열고 있다.