본관은 보성(寶城). 아버지는 오두천(吳斗天)이다. 1717년(숙종 43) 온양에서 시행된 별시문과에서 병과로 급제하여 벼슬길에 나가 성균관박사가 되었다.
1721년(경종 1) 김창집(金昌集) 등 노론 대신들이 중심이 되어 연잉군(延仍君: 뒤에 영조)을 세제(世弟)로 책봉하자, 이를 둘러싸고 노론과 소론의 대립이 노골화하여, 이듬해에 목호룡(睦虎龍)의 고변을 계기로 소론이 노론을 탄압하는 이른바 임인무옥이라는 대옥사가 일어났다.
오서종은 노론으로, 임인무옥에서 숙종의 국상 때에 세자, 즉 경종을 해치려는 역모에 유경유(柳慶裕)와 더불어 거사를 위한 자금으로 은을 구해주었다는 혐의를 받고 국문 끝에 장폐(杖斃)당하였다.