1991년 2월 대한불교진각종 산하 학교법인 회당학원 이사회에서 설립계획안을 의결함으로써 개교작업에 착수하였다. 회당학원은 40여 년 동안 중등교육에 힘써 심인중·고등학교(대구)와 진선여자중·고등학교(서울)를 운영해 오던 중 고등교육에도 이바지하기 위하여 위덕대학교 설립을 추진하게 되었다.
1995년 7월 교육부에 설립 본인가 신청서를 제출하여 1995년 12월 설립 본인가를 받고, 23명의 교수를 임용함과 동시에 408명의 신입생을 선발하여 1996년 3월 개교하였다. 초대 총장에는 손제석(孫製錫)이 취임하였으며, 불교학과·법학과·경제학과·경영학과·전자공학과·제어계측공학과·전자재료공학과·통신공학과·전자계산학과 등 9개 학과를 설치하였다.
1997년 6월 교육부로부터 사회교육원 설립 인가를 받았다. 1999년 9월 대학박물관을 설립하였으며, 같은 해 11월 일반대학원·불교대학원·교육대학원 설립 인가를 받았다. 2006년 9월 밀교전문학술지 『밀교세계』를 창간하였으며, 2009년 7월 교육과학기술부로부터 간호학과 신설 인가를 받았다.
대한불교진각종의 종지에 기초한 ‘진리탐구, 인격도야, 이타자리’의 건학이념에 입각하여 21세기 선진통일한국을 이끌어 나갈 지도적 인재를 육성하고, 문화발전과 과학기술혁신에 이바지하며, 지역사회에 봉사함을 설립취지로 하고 있다.
해외교류대학으로는 6개국 23개 대학과 상호교류 협력관계를 유지하고 있다. 대표적인 대학으로는 1996년 8월 미국 클레어몬트 맥케나 대학(Claremont Mckenna College)·피쳐 대학(Pitzer College)·하비머드 대학(Harvey Mudd College)과 어학과정 입학, 학생 및 교수 교환 등을 내용으로 하는 학술교류협정을 체결하였고, 1997년 중국 중앙민족대학 및 요녕대학교와 학술교류협정을 체결하였다.
2010년 3월 현재 6개 계열, 3개 학부, 20개 학과, 1개 대학원이 설치되어 있으며, 재학생은 2,773명, 교직원은 208명이다. 학교축제로 ‘위덕문화제’를 매년 개최하고 있으며, 교지로 『위덕대 소식』을 발간하고 있다.
부속기관으로는 회당학술정보원·평생교육원·어학교육원·위덕복지센터·대학박물관·교수학습지원센터·대학신문방송사·학생생활관·기원정사·영재교육원·공학교육혁신센터·위덕스포츠센터 등이 있으며, 부설연구센터로는 밀교문화연구원·진각복지연구소·신라문화산업센터·아시아-태평양연구소·산업기술연구소 등이 있다.