본관은 파평(坡平). 자는 양일(養一), 호는 장호(長湖). 대사간 윤황(尹煌)의 증손으로, 할아버지는 윤훈거(尹勛擧)이다. 아버지는 윤변(尹抃)이며, 어머니는 조직(趙溭)의 딸이다. 윤선거(尹宣擧)로부터 수학하였다.
1657년(효종 8) 진사시에 합격하고, 1663년(현종 4) 식년문과에 을과로 급제하였다. 지평을 거쳐 헌납에 이르러 영의정 허적(許積)이 정사를 독단한다고 탄핵하다가 갑산에 유배되었다. 뒤에 풀려나와 1681년(숙종 7) 공청도관찰사가 되고 제학에 이르렀다.
사람됨이 곧고 영리하였으며, 박학다식한 인물로서 소장(疏章)에 특히 능하였으며, 벼슬에 나간 30년 동안을 시종일관 곧고 바르게 살았다. 저서로는 『장호봉사(長湖封事)』 2책이 있다.