본관은 해평(海平). 자는 군평(君平). 영의정 윤두수(尹斗壽)의 증손으로, 할아버지는 영의정 윤방(尹昉)이다. 아버지는 윤신지(尹新之)이며, 어머니는 선조의 딸 정혜옹주(貞惠翁主)이다.
1624년(인조 2) 사마시에 합격하여 진사가 되고, 1628년 별시문과에 병과로 급제한 뒤 승문원을 거쳐 봉교·전적을 지냈다.
정언으로 있을 때 인목대비(仁穆大妃)가 목릉(穆陵)을 참배하는 것이 불가하다고 규탄하였다가 좌천되었으며, 설서를 거쳐 이조좌랑으로 체찰사의 종사관(從事官)을 지내다가 이조정랑에 승진되었다. 병자호란이 일어나자 남한산성에 들어가 왕을 호종하였다.