경상북도 예천군 보문면 미호리에 위치한다. 1995년 12월 1일에 경상북도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었고, 예천윤씨 문중에서 관리해오고 있다.
윤상(尹祥, 1373~1455)의 자는 실부(實夫)요, 호는 별동(別洞, 출생한 동리가 별동리)이다. 처음 이름은 윤철(尹哲)이었으나, 20세에 진사 시험에 합격하면서 윤상으로 고쳤다. 예천윤씨(醴泉尹氏)는 이 지방 토성(土姓)으로 고려 말기까지 지방행정실무를 담당하였다. 윤상도 현직 군리(郡吏)로서 등제출사(登第出仕)하였다.
그는 조용(趙庸)의 문인이다. 점필재(佔畢齋) 김종직(金宗直)은 『윤상시집(尹祥詩集)』의 서문에서 “윤상은 경술과 문장을 겸비한 학자이자 교육자로, 당시의 달관(達官)들은 모두 그의 문하에서 나왔으니 권근(權近) 이후 오직 그 한사람 뿐이다.”라고 평가한 바 있다.
윤별동묘는 성리학 보급에 공이 컸던 그를 기리기 위해 1456년(세조 2)에 불천위(不遷位: 큰 공훈이 있는 인물로서 영구히 사당에 모셔두는 신위)로 건립되었다. 규모는 크지 않으며, ‘별동묘(別洞廟)’라고 현판을 단 건물 1동과 담장을 두른 주변의 작은 공간이 전부다.
별동묘는 정면 3칸, 측면 2칸의 크기에 맞배지붕을 하고 있다. 정칸을 구성하는 2개의 기둥만 원기둥을 썼고, 다른 기둥은 방형기둥을 사용하였다. 또 정칸에만 출입문을 설치하고 좌우 협칸에는 광창을 사용하였다. 모두 다른 사묘 건축에서는 보기 드문 사례다.