본관은 한산(韓山). 자는 양원(養源), 호는 만사(晩沙). 한성군(韓城君) 이질(李秩)의 증손으로, 할아버지는 종묘서영 이지숙(李之菽)이다. 아버지는 참찬 이증(李增)이며, 어머니는 이몽원(李夢黿)의 딸이다.
1585년(선조 18) 식년문과에 병과로 급제, 1593년 정언·지평·세자시강원필선을 역임하고, 이듬해 장령(掌令)이 되었다. 이 때 정철(鄭澈)에 대한 삭직논의가 일어나자 모두 두려워하여 말하지 못하였으나 이경함은 자신을 돌보지 않고 부당성을 과감하게 상소하였다.
1603년 성주목사를 비롯하여 광주목사(光州牧使)·호조참판·경상도관찰사·병조참판에 이르렀으나 폐모론에 반대하다가 탄핵을 받고 사직하였다. 1623년(인조 1) 인조반정 후 한성부우윤으로 총관(摠管)을 겸하다가 나이가 많아 사직하였다. 대단한 호주가였다.