1599년(선조 32) 제주판관으로 재직시, 제주목사와의 알력이 드러나 사헌부의 탄핵으로 파직되었다. 1601년 청성첨사(靑城僉使)에 제수되었으나, 경력이 얕은 자를 갑자기 당상의 품계에 올려주는 것이 부당하다는 사헌부의 논박으로 보류되었다.
그 뒤 1602년 동래부사로 부임한 이래 원주·강계 부사 등의 목민업무를 줄곧 수행하였고, 광해군이 즉위하자 한산무장(閑散武將)으로서 1619년(광해군 11)에 전라우수사를 거쳐, 1621년에는 연안부사를 역임하였다.
그 뒤 이계선의 무장이 잘 알려져 기복(起復: 부모의 상 중에는 관직생활을 할 수 없으나 유사시나 특별한 경우 왕의 부름으로 관직활동에 복귀하던 일) 중에도 부름을 받는 등 중용되었으며, 1628년(인조 6)에 훈련도감중군으로 재직하면서 유효립(柳孝立) 모반 사건에 가담한 죄로 형을 받다가 졸하였다.