자는 군호(君浩), 호는 청향당(淸香堂). 합천 출신. 어려서부터 유교경전을 읽으며 과거와 벼슬에는 뜻을 두지 아니하고 평생을 학문 연구에 바쳤다. 일찍이 조식(曺植)과 교유하여 뜻을 같이하였다.
이황(李滉)과도 도의(道義)의 교를 맺고 내왕하면서 유교경전에 관한 경의를 강의하고 질문하면서 성리학 연구에 전념하였다. 1546년(명종 1)에는 이원의 학문이 고매하다 하여 나라에 천거되어 곤양훈도(昆陽訓導)를 제수받았으나, 끝내 사양하고 벼슬길에 나아가지 않은 채 세속과 인연을 끊고 은거생활을 하면서 학문 연구에만 몰두하였다.
이원의 유문(遺文) 및 관계기록을 모아 만든 이원 청향당실기 목판이 전한다. 이원 청향당실기 목판은 1997년 경상남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다.