1615년(광해군 7)에 지방유림의 공의로 이이(李珥)의 학문과 덕행을 추모하기 위해 창건하여 위패를 모셨다. 1650년 (효종 1)에 ‘자운(紫雲)’이라고 사액되었으며, 그 뒤 김장생(金長生)과 박세채(朴世采)를 추가 배향하여 선현배향과 지방교육의 일익을 담당하여왔다.
1868년(고종 5)에 대원군의 서원철폐령으로 훼철되어 위패는 매안(埋安)하고 서원터에 설단(設壇)하여 향사를 지내왔다. 그 뒤 1969년에 지방유림의 기금과 국비보조로 복원하고 1975년과 1976년에 걸쳐 보수하였다.
경내의 건물로는 팔작지붕으로 된 6칸의 사우(祠宇), 신문(神門), 동서 협문(夾門) 등이 있으며, 담장 밖에는 묘정비(廟庭碑)가 세워져 있다. 서원의 좌측 능선에는 이이와 양친의 묘소가 있고, 근처에 경기도 교육위원회에서 설립한 율곡교육원이 있다.
사우에는 이이를 주벽(主壁)으로 하여 좌우에 김장생과 박세채의 위패가 봉안되어 있다. 이 서원은 1973년 경기도 기념물로 지정되었고, 묘정비는 1978년 경기도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다.
매년 8월 중정(中丁 : 두번째 丁日)에 향사를 지내고 있으며, 제품(祭品)은 5변(籩) 5두(豆)이다. 재산으로는 전답 2,000여 평과 약간의 대지가 있다.