고려시대에는 1308년(충렬왕 34) 충선왕이 즉위하여 대부상고(大府上庫)를 장흥고로 하였고 소속관원으로 사(使, 종5품) 1인, 부사(副使, 종6품) 1인, 직장(直長, 종7품) 1인을 두었다. 공민왕 때에는 사를 강등하여 종6품으로 하고, 부사·직장을 폐지하였으며 대신 주부(注簿, 종8품)를 설치하였다.
조선시대에는 1392년(태조 1) 고려제도를 이어받아 그대로 장흥고를 두고 호조 소속의 종5품 관서로 두었다가, 이후 주부(종6품)에 따라 종6품 관서로 되었다. 1403년(태종 3) 흥신궁(興信宮)을 본고와 합하였고 또 풍저창(豊儲倉)을 병합시켰다.
관원으로는 사 1인, 부사 1인, 직장 2인, 주부 2인이 있었는데 1414년 주부를 부직장으로 칭하였으며, 뒤에 다시 영(令, 종5품) 1인, 주부(종6품) 1인, 직장(종7품) 1인, 봉사(奉事, 종8품) 1인을 두어 『경국대전』에 법제화되었다.
그 뒤 다시 영을 없애고 제조(提調) 1인을 더 두었다. 이속(소속 서리)으로는 서원(書員) 6인, 고직(庫直) 6인, 사령(使令) 5인, 군사(軍士) 1인이 있었다.